Use of uninitialized value in numeric lt

John_Blackman

這是71行的語句   for(my $pos0=1;$pos0<$chrlen{$chr};$pos0+=$sliding) {
一直提示 Use of uninitialized value in numeric lt (<) at correct_cal_diversity.pl line 71
這是什么意思？

zhlong8

提醒你 $chrlen{$chr} 返回值是 undef，這個(gè)鍵可能根本不存在，也有可能他的值本身就是 undef 不管哪個(gè)原因做數(shù)字比較都是不合理的

Use of uninitialized value at ... 這類警告都是 undef 值出現(xiàn)在了錯(cuò)誤的位置（比如不該做數(shù)字運(yùn)算，不該插入字符串，不該做比較），很可能是程序出 bug 了

John_Blackman

非常感謝您的回答！很奇怪的是用別人的數(shù)據(jù)能跑起來，而我的數(shù)據(jù)就老是報(bào)這個(gè)錯(cuò)誤，可是兩個(gè)數(shù)據(jù)類型幾乎都是一樣的。。。回復(fù) 2# zhlong8


   

xiaoxingan99

你print一下這個(gè)值就知道了哈，給你指出了你就要進(jìn)行下一步，不用糾結(jié)錯(cuò)誤

John_Blackman

回復(fù) 4# xiaoxingan99
您說的是什么意思？我完全小白一個(gè)。。。
$chrlen那一列是數(shù)字，是不是就像2樓說的一樣，我給的數(shù)字不是數(shù)字？

   

zhlong8

出現(xiàn)這個(gè)警告100%是代碼有缺陷，你需要一點(diǎn)點(diǎn)debug技巧，比如把這個(gè) $chrlen{$chr} 給顯示出來再查數(shù)據(jù)查代碼。

我猜就是 $chr 不在 %chrlen 這個(gè) hash 里面，是不是沒有去掉尾部的換行符或空格？大小寫沒有統(tǒng)一？

xiaoxingan99

回復(fù) 5# John_Blackman


print   "--------$chrlen{$chr}------------\n";
這句你加到循環(huán)之前試試，看看能打印出東西么
如果你print也不知道的話，我還是建議你先看看perl教程，然后再搞程序，否則你得累死

John_Blackman

回復(fù) 7# xiaoxingan99
謝謝大家的回復(fù)，上午突然之間弄好了。是因?yàn)槲业妮斎胛募�名有下劃線_,我把其中的一段貼出來：
my $window=$opts{x};
my $sliding=$opts{s};  # ==chr_len
###my $chr=$opts{n};
my $prefix = $opts{o};
my $tag=$opts{m};

my %chrlen;
open IN,"$opts{l}" or die "the chr length file can't open!\n";
while(<IN> {
        chomp;
        #if(/$chr/){
                my @temp=split;       
                $chrlen{$temp[0]}=$temp[1];
        #}
}
close IN;

open SC,"$opts{c}" or die "The custom SNP file can't open!\n";
open SW,"$opts{w}" or die "The wild SNP file can't open!\n";
my ($nc,$nw,@t,@m);
@t=split /\t/,scalar <SC>;
$nc=$t[7]+$t[8];
seek SC,0,0;
@m=split /\t/,scalar <SW>;
$nw=$m[7]+$m[8];
seek SW,0,0;
my %SNP;
my ($SC,$SW,$pc,$pw);
while (<SC> {
        chomp;
        my @temp=(split /\t/,$_)[1,7,8,2,5,6,0];     # my ($pos,$nbase1,$nbase2,$ref,$base1,$base2,$chr)=(split /\t/,$_)[1,7,8,2,5,6,0];
        @{${$SNP{$temp[-1]}{$temp[0]}}[0]}=@temp;
}
close SC;

while (<SW> {
        chomp;
        my @tem=(split /\t/,$_)[1,7,8,2,5,6,0];
        @{${$SNP{$tem[-1]}{$tem[0]}}[1]}=@tem;
}
close SW;

open OUT,">$opts{o}.diversity" or die "the diversity result can't write!\n";
foreach my $chr (sort keys %SNP){
for(my $pos0=1;$pos0<$chrlen{$chr};$pos0+=$sliding) {
上面最后一行就是報(bào)錯(cuò)的地方，這是為什么呢？


   

xiaoxingan99

到底弄好了還是沒弄好呢？
而且讓你加上的那句你也沒加啊
另外，如果你是要學(xué)perl的話，不建議你直接看這么繁瑣的hash，水平有限，我也看暈了
如果你只是為了解決工作上的問題，等著有耐心的高手教你吧

John_Blackman

多謝回復(fù)，弄好了。其中一個(gè)輸入文件名有下劃線，結(jié)果就一直報(bào)錯(cuò)。不知道為什么。回復(fù) 9# xiaoxingan99