讀取文件如何接著上一次的進度

raoweijian

類似這樣的結(jié)構：

1. while(<IF1>){
   
2.     #進行一定處理   
   
3.     while(<IF2>){
   
4.         #進行一定處理;
   
5.         last;
   
6. }}
   

復制代碼

現(xiàn)在希望當讀取下一行IF1句柄的時候，再讀取IF2時是從上一次last時終止的位置開始，而不用再從頭讀取，應該怎么實現(xiàn)呢？

raoweijian

來人呀呀呀，這個功能相當重要，效率至少提高一百倍

jason680

回復 1# raoweijian

It seems fine and no issue.
would you post your code?

$ cat a
a1
a2

$ cat b
b1
b2

$ cat get_ab.pl
#! /usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

open IF1, "<", "a" or die "can't open a file\n";
open IF2, "<", "b" or die "can't open b file\n";

while(<IF1>){
  #進行一定處理   
  print;
  while(<IF2>){
    #進行一定處理;
    print;   
    last;
  }
}

$ perl get_ab.pl
a1
b1
a2
b2

picbhan

為什么覺得會從頭讀��？？？？？？？？

raoweijian

回復 4# picbhan


目前情況是，要根據(jù)IF1的信息去IF2里面找對應信息，已知IF1里面的信息和IF2里面的信息相對位置是相同的，比如在IF1里面，第二行在IF2里面對應第二行，那么在IF1里面的第三行，就一定對應IF2里面第二行或者往下，絕對不會對應到第一行。

但是現(xiàn)在執(zhí)行的效率，越到后面越慢，就可以看出應該是每次打開IF2都會重頭讀取，讀取前面無意義的行浪費很多時間。
因為行數(shù)很多，幾十萬行，到后面效率幾乎為0了。

yinyuemi

回復 5# raoweijian


    用seek吧

wsxedcer

tell  + seek

wsxedcer

1. [root@b ~]# cat a
   
2. 1
   
3. 2
   
4. 3
   
5. [root@b ~]# cat b
   
6. a
   
7. b
   
8. c
   
9. [root@b ~]# cat 3.pl
   
10. #!/usr/bin/perl
    
11. open $a,"./a";
    
12. open $b,"./b";
    
13. 
    
14. while(<$a>){
    
15.         print;
    
16.         seek($b,$tell,0);
    
17.         while(<$b>){
    
18.                 print;
    
19.                 $tell=tell($b);
    
20.                 last;
    
21.         }
    
22. 
    
23. }
    
24. [root@b ~]# perl 3.pl
    
25. 1
    
26. a
    
27. 2
    
28. b
    
29. 3
    
30. c
    
31. [root@b ~]

復制代碼

raoweijian

回復 8# wsxedcer

你的方法我試了，結(jié)果還是有點問題，是我之前忘了說明了。
現(xiàn)在有兩個文件，一個是SNP說明文件，另一個是染色體對應scaffold的文件
如圖



現(xiàn)在需要把每條SNP信息上的染色體坐標（對應第一列和第二列，表示哪條染色體的第幾個位點）轉(zhuǎn)換成對應scaffold上的坐標。
第二張圖表示染色體上從第幾個位點開始，到第幾個位點結(jié)束，對應的scaffold名字，以及scaffold起止點（一般都是1開始）
按照你的方法，有一個問題，就是當下一條SNP信息與上一條SNP信息在同一個scaffold上的時候，則會被跳過，因為seek已經(jīng)定位到下一行了，找不到該條SNP的坐標在scaffold上的信息。

有沒有簡便高效的方法解決這個問題呢？
ps(可否直接seek的時候，再往前推進1000個字節(jié)，對效率影響不大，但是會不會改變<>操作符一行一行讀的特點呢？)

raoweijian

謝謝大家的幫助，已經(jīng)改好了。
用tell和seek，加了一點修改就好啦