求幫忙

linaiting

我是要處理兩個(gè)文件，命令寫得不對，一直有問題：

      awk 'NR==FNR{a=$1;b=$2}NR>FNR{if($1 eq b) print a"\t"$0}' ncbi_forann.txt refseq_id.txt > t.txt

       ncbi_forann.txt和refseq_id.txt 是要處理的兩個(gè)文件，若ncbi_forann.txt文件的第二列有出現(xiàn)在文件refseq_id.txt 的第一列里，則輸出refseq_id.txt 對應(yīng)行的內(nèi)容，當(dāng)然，在前面要先輸出a(ncbi_forann.txt的第一列)

      我的運(yùn)行結(jié)果很奇怪，自己不知道哪里錯(cuò)了。
     
    而且，想進(jìn)一步改進(jìn)結(jié)果，只輸出a 、b、refseq_id.txt 滿足要求的行從第二列開始的內(nèi)容，是這樣的：

       第一列(a) \t  第二列(b) \t 其他列(來自refseq_id.txt 滿足要求的行從第二列開始的內(nèi)容，這些列用空格即可，源文件是空格)

      有點(diǎn)繁瑣啊，命令里的$0是refseq_id.txt文件 的所有列，因?yàn)椴欢畬懳蚁胍�的結(jié)果，就這樣放著了
    還請大蝦們幫忙一下��！謝謝了

cjaizss

我是要處理兩個(gè)文件，命令寫得不對，一直有問題：

      awk 'NR==FNR{a=$1;b=$2}NR>FNR{if($1 eq b) pr ...
linaiting 發(fā)表于 2011-12-17 21:12

你
    NR==FNR{a=$1;b=$2}
的作用是把第一個(gè)文件的最后一行的第一個(gè)字段賦給a,第二個(gè)字段賦給b.
第一個(gè)文件前面的內(nèi)容一概不管
你確信你要這樣做?

lkk2003rty

awk 'FNR==NR{a[$2]=$1;next}{if($1 in a){$1=a[$1];print}}'  ncbi_forann.txt refseq_id.txt

linaiting

你
    NR==FNR{a=$1;b=$2}
的作用是把第一個(gè)文件的最后一行的第一個(gè)字段賦給a,第二個(gè)字段賦給b.
第 ...
cjaizss 發(fā)表于 2011-12-17 22:22

    不是，整個(gè)文件從第一行開始處理，我知道代碼錯(cuò)了，但不知道該添加什么

cjaizss

不是，整個(gè)文件從第一行開始處理，我知道代碼錯(cuò)了，但不知道該添加什么
linaiting 發(fā)表于 2011-12-17 22:59

    就如同三樓做的那樣,你需要的不是單個(gè)變量,而是依次把第一個(gè)文件的內(nèi)容放入數(shù)組中,
    awk下數(shù)組是一個(gè)散列表,你可以用(i in a)這樣的表達(dá)式判斷a是否有下標(biāo)為i的組元

linaiting

就如同三樓做的那樣,你需要的不是單個(gè)變量,而是依次把第一個(gè)文件的內(nèi)容放入數(shù)組中,
    awk下數(shù) ...
cjaizss 發(fā)表于 2011-12-17 23:02

    噢，明白了，若想改進(jìn)輸出結(jié)果呢？你看看我給小毛孩的回復(fù)

cjaizss

很感謝你啊，我想再改進(jìn)一下，若想輸出結(jié)果按第一列排好序，并且該列與后面的列之間用tab鍵隔開， ...
linaiting 發(fā)表于 2011-12-17 23:06

    awk里面,有個(gè)函數(shù)叫sort是用來排序內(nèi)容的,asorti用下標(biāo)來排序.
    或者自己man一下awk,然后自己試下可以搞定與否呢

lkk2003rty

awk 'FNR==NR{a[$2]=$1;next}{if($1 in a){out=a[$1]"\t";for(i=2;i<NF;i++)out=out""$i"  ";print  out$NF}}'  ncbi_forann.txt refseq_id.txt | sort -k1,1

linaiting

awk里面,有個(gè)函數(shù)叫sort是用來排序內(nèi)容的,asorti用下標(biāo)來排序.
    或者自己man一下awk,然后自己 ...
cjaizss 發(fā)表于 2011-12-17 23:17

    嗯嗯，謝謝指點(diǎn)啊！我第一次見到asorti，是該多學(xué)學(xué)

linaiting

awk 'FNR==NR{a[$2]=$1;next}{if($1 in a){out=a[$1]"\t";for(i=2;i
lkk2003rty 發(fā)表于 2011-12-17 23:24

    真的是太感謝你了， 無法用言語來形容