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vcf文件需要用perl處理取出DP>3的點(diǎn) [復(fù)制鏈接]

moperyblue

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發(fā)表于 2016-12-06 16:08 |只看該作者

本帖最后由 moperyblue 于 2016-12-06 16:22 編輯

1.如果是win平臺(tái)可以安裝Cgywin
2.文件大可以用shell中的split命令先分割成較小的文件再分別處理每個(gè)小文件

awk '{match($8,/\<DP=([^;]*)/,a)}a[1]>1' test.vcf > test2.vcf

chr1 837554 . G A 42.8 . DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=37;FQ=-33 GTL:GQ 1/1:74,6,0:10
chr1 838570 . G A 42.8 . DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=37;FQ=-33 GTL:GQ 1/1:74,6,0:10
chr1 840821 . G A 42.8 . DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=37;FQ=-33 GTL:GQ 1/1:74,6,0:10
chr1 846005 . C T 42.8 . DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=37;FQ=-33 GTL:GQ 1/1:74,6,0:10
chr1 847156 . C T 42.8 . DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=37;FQ=-33 GTL:GQ 1/1:74,6,0:10
chr1 850705 . G A 42.8 . DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=37;FQ=-33 GTL:GQ 1/1:74,6,0:10
chr1 854250 . A G 42.8 . DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=37;FQ=-33 GTL:GQ 1/1:74,6,0:10
chr1 857025 . G T 42.8 . DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=37;FQ=-33 GT:PL:GQ 1/1:74,6,0:10
chr1 860251 . G A 22.8 . DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=32;FQ=-33 GT:PL:GQ 1/1:54,6,0:10
chr1 860252 . G A 33.8 . DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=32;FQ=-33 GT:PL:GQ 1/1:65,6,0:10
chr1 860273 . G A 15.9 . DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=32;FQ=-33 GT:PL:GQ 1/1:47,6,0:10
chr1 860288 . CG CGG 29.2 . INDEL;IS=2,1.000000;DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=37;FQ=-40.5 GT:PL:GQ 1/1:68,6,0:10

復(fù)制代碼

希望得到這樣的結(jié)果嗎?

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發(fā)表于 2016-12-09 15:51 |只看該作者

本帖最后由 nanshanjin 于 2016-12-09 15:52 編輯

use strict;
use warnings;

while(<DATA>

{
$_=~s/[\n\r]//g;
my @a=split/\s+/,$_;
my $dp=substr($a[7],3,1);
next if $dp !~/\d/;
#print $dp;
if($dp > 1){
print join("\t",@a)."\n"
}
}

__DATA__
chr1       824423       .       G       A       7.8       .       DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=37;FQ=-30       GTL:GQ       1/1:37,3,0:4
chr1       824425       .       G       A       7.8       .       DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=37;FQ=-30       GTL:GQ       1/1:37,3,0:4
chr1       837554       .       G       A       42.8       .       DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=37;FQ=-33       GTL:GQ       1/1:74,6,0:10
chr1       838570       .       G       A       42.8       .       DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=37;FQ=-33       GTL:GQ       1/1:74,6,0:10
chr1       840821       .       G       A       42.8       .       DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=37;FQ=-33       GTL:GQ       1/1:74,6,0:10
chr1       846005       .       C       T       42.8       .       DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=37;FQ=-33       GTL:GQ       1/1:74,6,0:10
chr1       847156       .       C       T       42.8       .       DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=37;FQ=-33       GTL:GQ       1/1:74,6,0:10
chr1       847807       .       C       T       7.8       .       DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=37;FQ=-30       GTL:GQ       1/1:37,3,0:4
chr1       850705       .       G       A       42.8       .       DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=37;FQ=-33       GTL:GQ       1/1:74,6,0:10
chr1       854250       .       A       G       42.8       .       DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=37;FQ=-33       GTL:GQ       1/1:74,6,0:10
chr1       856420       .       G       A       4.77       .       DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=33;FQ=-30       GT

L:GQ 0/1:33,3,0:3
chr1 856427 . G A 4.13 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=33;FQ=-30 GT

L:GQ 0/1:32,3,0:3
chr1 857025 . G T 42.8 . DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=37;FQ=-33 GT

L:GQ 1/1:74,6,0:10
chr1 860251 . G A 22.8 . DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=32;FQ=-33 GT

L:GQ 1/1:54,6,0:10
chr1 860252 . G A 33.8 . DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=32;FQ=-33 GT

L:GQ 1/1:65,6,0:10
chr1 860273 . G A 15.9 . DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=32;FQ=-33 GT

L:GQ 1/1:47,6,0:10
chr1 860288 . CG CGG 29.2 . INDEL;IS=2,1.000000;DP=2;VDB=5.960000e-02;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=37;FQ=-40.5 GT

L:GQ 1/1:68,6,0:10

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