關(guān)于控制fasta序列長度格式轉(zhuǎn)換的問題

jiangphoenix

求個程序
將fasta格式轉(zhuǎn)換的
就是比如元fasta一行是30個堿基，這次轉(zhuǎn)換之后 一行是90個堿基
求各位大神

b114213903

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use Bio::SeqIO;
   
4. 
   
5. my $length=($ARGV[0]=~/^\d+$/)?$ARGV[0]:90;
   
6. my $in="In.fasta";
   
7. my $IN=Bio::SeqIO->new(-file=>"$in",-format=>"fasta");
   
8. 
   
9. my $Data={};
   
10. while (my $seq=$IN->next_seq()){
    
11.         $Data->{$seq->id}=$seq->seq();
    
12. }
    
13. $IN->close();
    
14. 
    
15. open (OUT,">Out.fasta");
    
16. foreach my $id(keys %{$Data}){
    
17.         (my $seq=($Data->{$id}))=~s/(\w{$length})/$1\n/g;
    
18.         print OUT ">$id\n$seq\n";
    
19. }
    
20. close OUT;
    
21. 
    
22. print "Finished!\n"

復(fù)制代碼

jiangphoenix

回復(fù) 2# b114213903

(my $seq=($Data->{$id}))=~s/(\w{$length})/$1\n/g;

請問下，這步替換的是什么啊，謝謝啦


   

jiangphoenix

回復(fù) 2# b114213903

主要就是$1那里不太懂。。。。
   

jiangphoenix

回復(fù) 2# b114213903

已經(jīng)琢磨明白了，謝謝啦

   

MMMIX

回復(fù) 2# b114213903


    Bio::SeqIO 不是可以自己設(shè)置輸出格式的么？

b114213903

回復(fù) 6# MMMIX


    Bio::SeqIO默認的是70個堿基換行，沒注意過是不是可以指定長度！

MMMIX

回復(fù) 7# b114213903


用 width 方法設(shè)置寬度：

my $out = Bio::SeqIO->new(...);
$out->width(90);

b114213903

回復(fù) 8# MMMIX


    謝謝！之前沒有仔細研究過……

gaoyang636

可以使用fastq-toolkit 中的FASTA Formatter功能完成……