求一個(gè)統(tǒng)計(jì)數(shù)字的程序或者編寫思路，謝謝！

54red

我有一個(gè)原始統(tǒng)計(jì)數(shù)字的表：
統(tǒng)計(jì)表：
熊貓 1
老鼠 2
貓 3
小雞 1

會(huì)有很多的新樣本：
樣本1：
熊貓
貓
章魚

執(zhí)行樣本1 以后會(huì)生成兩個(gè)文件：
樣本1帶數(shù)據(jù)：（就是把原來的統(tǒng)計(jì)表格數(shù)據(jù)后一列放上去）
熊貓 1
貓 3
章魚 NA
新的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)表格：
熊貓 2 （就是添加一些新的物種，原來有的動(dòng)物個(gè)數(shù)加1）
老鼠 2
貓 4
小雞 1
章魚 1

………………………………………………………………………………………………
其實(shí)就是打算做一個(gè)統(tǒng)計(jì)
現(xiàn)在的問題是 我不會(huì)做統(tǒng)計(jì)表的更新！

54red

我自己做了一個(gè)比較笨的程序，可以實(shí)現(xiàn)功能，大家有什么更好的思路，我也很想學(xué)一下！

真實(shí)的數(shù)據(jù)格式：
$pos:
chr11:10521764:T:C: 2
chr11:108183167:A:G: 2
chr11:10819364:T:C: 2
chr11:10822350:C:T: 2
chr11:10823079:T:C: 2
chr11:10828361:C:A: 2
.............

$txt:
11        654043        G        A        Exonic        DEAF1
11        674731        C        T        Exonic        DEAF1                               
11        822588        C        T        Exonic        PNPLA2
11        824428        G        T        Exonic        PNPLA2
11        824789        T        C        Exonic        PNPLA2
................

open(IN1,"$txt");
open(IN,"$pos");
open(OUT,">$haha");
my %hash_pos;
map{chomp;my @data = split/\t/,$_;$hash_pos{$data[0]}=$data[1];}<IN>;
close IN;
my @hash;
while (<IN1>) {
   chomp;
   next if $_=~/^$/;
   my $line=$_;
   my @data1 = split/\t/,$_;
   my $tmp = "chr"."$data1[0]".":".$data1[1].":".$data1[2].":".$data1[3];
   print $tmp."\t";
   if($hash_pos{$tmp}){
           print OUT "$line\t$hash_pos{$tmp}\n";
           $hash_pos{$tmp}=$hash_pos{$tmp}+1;
         
           }
   else {
           $hash_pos{$tmp}=1;
           print OUT "$line\t$hash_pos{$tmp}\n";
          
           }
  
}
open(IN,">$pos");
print IN ("$_: $hash_pos{$_}\n") foreach(sort keys(%hash_pos));
close IN;
close IN1;
close OUT;

MMMIX

54red 發(fā)表于 2015-08-12 16:11
我自己做了一個(gè)比較笨的程序，可以實(shí)現(xiàn)功能，大家有什么更好的思路，我也很想學(xué)一下！

先從把問題描述清楚開始吧.

b114213903

回復(fù) 3# MMMIX


    他這個(gè)目的應(yīng)該是統(tǒng)計(jì)不同染色體上、不同位置、不同類型SNP的情況，描述的很混亂

MMMIX

回復(fù) 4# b114213903


    其實(shí)我并不關(guān)心數(shù)據(jù)的意義, 這些對(duì)編程來說許多時(shí)候是沒有意義的; 而對(duì)編程有意義的是輸入的格式, 處理數(shù)據(jù)的規(guī)則, 輸出的內(nèi)容和格式.

substr函數(shù)

回復(fù) 2# 54red
問題是
LZ打算
print, + 1

1. 
   
2. print OUT "$line\t$hash_pos{$tmp}\n";
   
3. $hash_pos{$tmp}=$hash_pos{$tmp}+1;
   

復(fù)制代碼

1+ 1, print

1. 
   
2. $hash_pos{$tmp}=$hash_pos{$tmp}+1;
   
3. print OUT "$line\t$hash_pos{$tmp}\n";
   

復(fù)制代碼