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[文本處理] snp的vcf文件提取snp [復(fù)制鏈接]

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發(fā)表于 2015-05-13 17:22 |只看該作者 |倒序?yàn)g覽
本帖最后由 紫風(fēng)8824 于 2015-05-13 19:50 編輯

文件1是snp的vcf文件：把INFO這一列換成“.”了
#CHROM        POS        ID        REF        ALT        QUAL        FILTER        INFO        FORMAT        ./p3-101        ./p3-103        ./p3-104_        ./p3-105
MK000001        882        .        T        A        999        .        .        GTL:GQ        0/1:0,0,0:3        0/1:0,0,0:3        0/1:0,0,0:3        0/1:0,0,0:3
MK000001        883        .        G        A        999        .        .        GTL:GQ        0/0:0,0,0:5        0/0:0,0,0:5        0/0:0,0,0:5        0/0:0,0,0:5
MK000001        886        .        T        A        999        .        .        GTL:GQ        0/0:0,0,0:10        0/0:0,3,40:13        0/0:0,0,0:10        0/0:0,0,0:10
MK000001        899        .        T        C        8.84        .        .        GTL:GQ        0/0:0,0,0:18        0/0:0,3,40:21        0/0:0,0,0:18        0/0:0,0,0:18
MK000001        911        .        G        T        17.6        .        .        GTL:GQ        0/0:0,0,0:20        0/0:0,3,40:23        0/0:0,0,0:20        0/0:0,0,0:20
MK000001        956        .        A        C        12.5        .        .        GTL:GQ        0/0:0,0,0:20        0/0:0,9,89:29        0/0:0,0,0:20        0/0:0,0,0:20
MK000001        976        .        G        A        24.9        .        .        GTL:GQ        0/0:0,0,0:19        0/0:0,9,89:28        0/0:0,0,0:19        0/0:0,0,0:19
MK000001        981        .        G        T        7.67        .        .        GTL:GQ        0/0:0,0,0:20        0/0:0,9,89:29        0/0:0,0,0:20        0/0:0,0,0:20
MK000001        982        .        T        C        20.3        .        .        GTL:GQ        0/0:0,0,0:18        0/0:15,0,64:5        0/0:0,0,0:18        0/0:0,0,0:18


想把里面的snp的提出來
文件2這樣：
./p3-101        ./p3-103        ./p3-104        ./p3-105
0/1        0/1        0/1        0/1
0/0        0/0        0/0        0/0
0/0        0/0        0/0        0/0
0/0        0/0        0/0        0/0
0/0        0/0        0/0        0/0
0/0        0/0        0/0        0/0
0/0        0/0        0/0        0/0
0/0        0/0        0/0        0/0
求教：如何編寫程序？如果拓展到多行多列數(shù)據(jù)該如何處理？謝謝~

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發(fā)表于 2015-05-13 17:58 |只看該作者
把圖中的文本扣出來貼帖子吧

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天蝎座 日期:2013-09-22 22:32:23程序設(shè)計(jì)版塊每日發(fā)帖之星 日期:2016-08-07 06:20:00lufei 日期:2016-06-17 17:38:40程序設(shè)計(jì)版塊每日發(fā)帖之星 日期:2016-06-12 06:20:002016科比退役紀(jì)念章 日期:2016-05-31 15:47:20CU十四周年紀(jì)念徽章 日期:2016-05-27 12:24:562015年亞洲杯之阿曼 日期:2015-05-03 21:01:352015年辭舊歲徽章 日期:2015-03-03 16:54:15天蝎座 日期:2013-10-20 21:05:24程序設(shè)計(jì)版塊每日發(fā)帖之星 日期:2016-08-11 06:20:00
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發(fā)表于 2015-05-13 17:58 |只看該作者
沒明白。。。。好像發(fā)過問過這個(gè)問題吧

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發(fā)表于 2015-05-13 18:02 |只看該作者
  別貼圖了，貼純文本出來吧
或者，弄個(gè)附件上來吧

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發(fā)表于 2015-05-13 20:33 |只看該作者
  1. awk '{for(i=NF-3;i<=NF;i++){if(FNR!=1)sub(/:.*$/,"",$i);printf $i" "}print ""}' file | column -t
復(fù)制代碼
回復(fù) 1# 紫風(fēng)8824

目測(cè)是這個(gè)意思

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發(fā)表于 2015-05-14 10:04 |只看該作者
換成文本了，請(qǐng)指教~回復(fù) 4# drakness


   

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7樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2015-05-14 10:05 |只看該作者
換成文本了，請(qǐng)指教~回復(fù) 2# reyleon


   

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發(fā)表于 2015-05-14 11:27 |只看該作者
回復(fù) 6# 紫風(fēng)8824
  1. awk '{for(i=1;i<=NF-4;i++)$i=""}{for(i=1;i<=NF;i++)gsub(/:.*/,"",$i);print}' urfile
復(fù)制代碼

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發(fā)表于 2015-05-14 13:59 |只看該作者
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