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fasta文件格式轉(zhuǎn)換問(wèn)題 [復(fù)制鏈接]

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1樓 [收藏(0)] [報(bào)告]
發(fā)表于 2015-05-06 15:29 |只看該作者 |倒序?yàn)g覽
fasta格式文件如文件1所示，整條序列在一行上，請(qǐng)問(wèn)如何用perl變成文件2所示格式，即每行60個(gè)氨基酸殘基。
文件1：
>seq1
MDAKVTKFINAGLVVLGTSALLFLRSRKRLPPTVQGWLIFGGLIRYLKGLIVMLREEYPKLGSPFTVKLRNKNMGLVSTHYCKALESDLSQEEVHQLTVLTFGPDVVYDAD

>seq2
MDAKDNKFLNAGLVVLATLVVAKLITALLFSRSRKRLPPTVQGWPIFGGLIRFLKGPIVMLREEYPKLGSVFTVKLLNKNITFFIGPEVSTHFFKAPESDLSQQE


文件2
>seq1
MDAKVTKFINAGLVVLGTSALLFLRSRKRLPPTVQGWLIF
GGLIRYLKGLIVMLREEYPKLGSPFTVKLRNKNMGLVSTH
YCKALESDLSQEEVHQLTVLTFGPDVVYDAD

>seq2
MDAKDNKFLNAGLVVLATLVVAKLITALLFSRSRKRLPPT
VQGWPIFGGLIRFLKGPIVMLREEYPKLGSVFTVKLLNKN
ITFFIGPEVSTHFFKAPESDLSQQE

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技術(shù)圖書徽章 日期:2013-10-01 15:32:13戌狗 日期:2013-10-25 13:31:35金牛座 日期:2013-11-04 16:22:07子鼠 日期:2013-11-18 18:48:57白羊座 日期:2013-11-29 10:09:11獅子座 日期:2013-12-12 09:57:42白羊座 日期:2013-12-24 16:24:46辰龍 日期:2014-01-08 15:26:12技術(shù)圖書徽章 日期:2014-01-17 13:24:40巳蛇 日期:2014-02-18 14:32:59未羊 日期:2014-02-20 14:12:13白羊座 日期:2014-02-26 12:06:59
2樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2015-05-06 15:50 |只看該作者
本帖最后由 jason680 于 2015-05-06 15:52 編輯

回復(fù) 1# qiwasd

1. using substr and length function

2.  60 or 40 ?

$ perl -lape '{
   $len=40;
   $head="";
   while(length>$len){
      $head.=substr($_,0,$len)."\n";
      $_=substr($_,$len);
   }
  $_="$head$_"
}' FILE
>seq1
MDAKVTKFINAGLVVLGTSALLFLRSRKRLPPTVQGWLIF
GGLIRYLKGLIVMLREEYPKLGSPFTVKLRNKNMGLVSTH
YCKALESDLSQEEVHQLTVLTFGPDVVYDAD

>seq2
MDAKDNKFLNAGLVVLATLVVAKLITALLFSRSRKRLPPT
VQGWPIFGGLIRFLKGPIVMLREEYPKLGSVFTVKLLNKN
ITFFIGPEVSTHFFKAPESDLSQQE

   

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3樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2015-05-06 16:19 |只看該作者
已解決！感謝！回復(fù) 2# jason680


   
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