跪求高手幫助解決perl問(wèn)題

弦斷有誰(shuí)聽(tīng)1053476508

任務(wù)：步驟1，Orthologs-msu.txt是原始文件，讓其每一行行生成1個(gè)ID文件(如ORTHOMCL2.txt) ，文件名是每一行第一個(gè)元素。
        步驟2，然后以文件名為散列的key，文件內(nèi)容為元素構(gòu)造散列保存。
        步驟3，再用每個(gè)ID文件的每一行（如下面的APK_ORTHOMCL2），從同一個(gè)Allseq.fa（DNA文件）中找到對(duì)應(yīng)的APK_ORTHOMCL2提取DNA序列
如,APK_ORTHOMCL2
>AT1G51370.2 | Symbols:  | F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein | chr1:19045615-19046825 FORWARD LENGTH=1118
ATGGTGGGTGGCAAGAAGAAAACCAAGATATGTGACAAAGTGTCACATGAGGAAGATAGGATAAGCCAGTTACCGGAACC
TTTGATATCTGAAATACTTTTTCATCTTTCTACCAAGGACTCTGTCAGAACAAGCGCTTTGTCTACCAAATGGAGATATC
TTTGGCAATCGGTTCCTGGATTGGACTTAGACCCCTACGCATCCTCAAATACCAATACAATTGTGAGTTTTGTTGAAAGT
TTTTTTGATTCCCACAGGGATTCATGGATACGCAAACTCCGTTTAGATTTGGGTTATCATCATGATAAGTATGATCTCAT
GTCATGGATTGATGCTGCGACTACGCGTAGGATTCAGCATCTTGATGTTCATTGTTTTCACGATAATAAGATACCCTTGA
GCATATATACATGCACGACGTTGGTACACTTACGACTCCGTTGGGCTGTCTTGACTAATCCCGAGTTTGTTTCCTTACCT

生成N個(gè)fa序列文件，找不到對(duì)應(yīng)ID的生產(chǎn)空文件。

原始文件就像下面的內(nèi)容：
orthologous_group_ID num_orthologs/in-paralogs num_species species orthologs/in-paralogs
APK_ORTHOMCL0 416 2 rice sorghum LOC_Os04g04140 LOC_Os05g29160 LOC_Os10g02640  
APK_ORTHOMCL2 212 3 brachy rice sorghum Bradi1g21530 Bradi2g26540 Bradi2g49480 Bradi2g61260

其中要求生成的ID文件如下：
APK_ORTHOMCL0
416
2
rice sorghum
LOC_Os04g04140
LOC_Os05g29160
LOC_Os10g02640

別人寫(xiě)的步驟一的一段代碼，錯(cuò)誤出在哪，怎么改？或者高手給重寫(xiě)一段。
open (IN,"<$ARGV[0]");
my ($i，@in,$linename,@id);
while (<IN>)
  {
@in = split("\s", $_);
$linename = shift (@in);
@id = join ("\n", @in);
print "$linename\n@id";
$i++；
open my $out, ">$i";
print $out sth

步驟二沒(méi)有參考腳本

步驟三的參考腳本如下：
#tempo 從fasta格式中用名稱(chēng)提取序列
#cd C:\strawberry\perl\bin
# perl ID-SEQok.pl ORTHOMCL2.txt zmossbat.fa >mcl2.fa
#!/usr/bin/perl -w
#use strict;
#use warnings;
($ARGV[0] && $ARGV[1]) or die "usage: $0 NameFile DataBase\nShortName to FullName\n";
my $nameFile=$ARGV[0];
my $dataFile=$ARGV[1];
open(my $nf,$nameFile) or die "cannot open $nameFile";
open(my $df,$dataFile) or die "cannot open $dataFile";
undef $/;
my $temp;
$temp=<$nf>;
my @names=sort split /\n/,$temp;
close($nf);
foreach my $name (@names)
{
    $name=~s/\|/\\|/g;
}
$/=">";
while($temp=<$df>)
{
    chomp($temp);
    $temp=~m/(.*)/;
    my $head=$1;
    foreach my $name(@names)
    {
        if($head=~m/$name/i)
        {
            print ">$temp";
        }
    }
}
close($df);

我是植物學(xué)碩士，但是對(duì)計(jì)算機(jī)語(yǔ)言沒(méi)什么造詣，高手幫幫忙吧，最好把三個(gè)步驟連在一起寫(xiě)一個(gè)程序。  
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

12月15編輯：
  原始文件（Orthologs-msu.txt有約2000行)和要求生成約2000個(gè)fa序列文件，過(guò)程如


  Allseq.fa文件有200g，太大沒(méi)法上傳，只能發(fā)測(cè)試文件。測(cè)試文件在下面的附件中，具體測(cè)試就是使原始文件Orthologs-msu.txt每一行生成1個(gè)ID文件，文件名是每一行第一個(gè)元素，文件內(nèi)容為ID。ID文件的每一行為一個(gè)子ID(如ORTHOMCL2.txt)，再用每個(gè)ID文件的每一行（如下面的LOC_Os04g04140），從同一個(gè)Allseq.fa（DNA文件）中找到對(duì)應(yīng)的（如LOC_Os04g04140）提取序列,生成N個(gè)fa序列文件。效果如APK_ORTHOMCL0.fa和APK_ORTHOMCL2.fa，提取不到對(duì)應(yīng)序列的如APK_ORTHOMCL1.fa為空！ 測(cè)試文件（12月15）.zip (17.53 KB, 下載次數(shù): 4)

2014-12-15 14:01 上傳

點(diǎn)擊文件名下載附件

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大神進(jìn)來(lái)看看吧

弦斷有誰(shuí)聽(tīng)1053476508

身邊的人都解決不了

b114213903

后面一步用BioPerl模塊就好了

huang6894

回復(fù) 1# 弦斷有誰(shuí)聽(tīng)1053476508


    希望幫到你~

1. #! /usr/bin/perl -w
   
2. use File::Basename;
   
3. die "\tperl $0 Orthologs-msu.txt Allseq.fa\n" unless scalar @ARGV eq 2;
   
4. my($id_file, $fasta) = @ARGV;
   
5. my %hash;
   
6. 
   
7. open IN,"< $id_file" or die "$!";
   
8. <IN>;
   
9. open OUT,"> $id_file\.id" or die "$!";
   
10. while(<IN>){
    
11.         chomp;
    
12.         my $key = (split)[0];
    
13.         unless(exists $hash{$key}){
    
14.                 print OUT $key.$/;
    
15.                 open my $f, '>', "$id_file\.$key" ;
    
16.                 $hash{$key} = basename($id_file);
    
17.                 $file{$key} = $f;
    
18.                 print { $file{$key} } ">".$key."\n";
    
19.         }
    
20. }
    
21. close IN;
    
22. close OUT;
    
23. $/=">";
    
24. open FASTA,"< $fasta" or die "$!";
    
25. <FASTA>;
    
26. while(<FASTA>){
    
27.         chomp;
    
28.         my($key,@value) = (split /\n/);
    
29.         next unless exists $hash{$key};
    
30.         print { $file{$key} } join("\n",@value);
    
31. }
    
32. close $hash{$_} for keys %hash;
    
33. $/="\n";       
    

復(fù)制代碼

huang6894

回復(fù) 1# 弦斷有誰(shuí)聽(tīng)1053476508


    希望幫到你~

1. #! /usr/bin/perl -w
   
2. use File::Basename;
   
3. die "\tperl $0 Orthologs-msu.txt Allseq.fa\n" unless scalar @ARGV eq 2;
   
4. my($id_file, $fasta) = @ARGV;
   
5. my %hash;
   
6. 
   
7. open IN,"< $id_file" or die "$!";
   
8. <IN>;
   
9. open OUT,"> $id_file\.id" or die "$!";
   
10. while(<IN>){
    
11.         chomp;
    
12.         my $key = (split)[0];
    
13.         unless(exists $hash{$key}){
    
14.                 print OUT $key.$/;  #第一題
    
15.                 open my $f, '>', "$id_file\.$key" ;
    
16.                 $hash{$key} = basename($id_file); #第二題
    
17.                 $file{$key} = $f;
    
18.                 print { $file{$key} } ">".$key."\n";
    
19.         }
    
20. }
    
21. close IN;
    
22. close OUT;
    
23. $/=">";
    
24. open FASTA,"< $fasta" or die "$!";
    
25. <FASTA>;
    
26. while(<FASTA>){
    
27.         chomp;
    
28.         my($key,@value) = (split /\n/);
    
29.         next unless exists $hash{$key};
    
30.         print { $file{$key} } join("\n",@value);#第三題
    
31. }
    
32. close $hash{$_} for keys %hash;
    
33. $/="\n";       
    

復(fù)制代碼

不好意思，重復(fù)發(fā)貼了

弦斷有誰(shuí)聽(tīng)1053476508

謝謝你 我試下回復(fù) 5# huang6894


   

弦斷有誰(shuí)聽(tīng)1053476508

回復(fù) 5# huang6894

測(cè)試用的附件和初步測(cè)試結(jié)果我已經(jīng)上傳，還要麻煩您看下，有幾個(gè)問(wèn)題

1 為何生成的.APK文件（應(yīng)該是最終的結(jié)果.fa）為空？
2 模塊file::basename如何用？
3  命令行輸入的有沒(méi)有問(wèn)題？

弦斷有誰(shuí)聽(tīng)1053476508

回復(fù) 4# b114213903
那是什么，不懂。若是我生成散列后怎么操作，還請(qǐng)指導(dǎo)


   

huang6894

我很想幫你，但是

你就不能給點(diǎn)真實(shí)數(shù)據(jù)麼~程序我沒(méi)看出來(lái)有什么問(wèn)題，菜鳥(niǎo)寫(xiě)法，不追求技巧~
basename是一個(gè)模塊，用來(lái)獲取一個(gè)輸入的（如：c:\\hh\\tt）最后那個(gè)名稱(chēng)，也就是文件名tt