求潤色

方小蘭

輸入文件1.txt
A        3        9
A        8        20
A        37        50       
A        37        50
A        61        75


輸入文件2.txt
A        5
A        7
A        9
A        21
A        30       
A        35
A        49

輸出
A        21
A        30       
A        35

自己寫的程序
open IN,"2.txt";
open IN1,"1.txt";

my @site;my @a;

while (<IN>){
        chomp;
        @a=split;
        push (@site,$a[1]);
}
close IN;

my @cod;
while (<IN1>){
        chomp;
        my @b=split;
        foreach my $s (@site){
                if ($s >=$b[1] && $s <=$b[2])
                {push (@cod,$s);}
        }

}
close IN1;

open IN,"2.txt";
while (<IN>){
        chomp;
        @a=split;
        foreach  my $c (@cod){
                if ($c eq $a[1])
                {next;}
                else {print "$_\n";}
        }
}

最后需要對(duì)輸出文件sort|uniq，蠢蠢的感覺~
求大家?guī)兔?br />

huang6894

1. #! /usr/bin/perl -w
   
2. 
   
3. my ($f1, $f2) = @ARGV;
   
4. my $ref = {};
   
5. 
   
6. open IN1,"< $f1" or die "$!";
   
7. open IN2,"< $f2" or die "$!";
   
8. map{chomp;my @arr = (split);$ref->{$arr[0]}->{$arr[1]}->{$arr[2]} = $.;}<IN1>;
   
9. close IN1;
   
10. 
    
11. while (<IN2>) {
    
12.         chomp;
    
13.         my @arr = (split);
    
14.         next unless (defined($ref->{$arr[0]}));
    
15.         my $result = &do($arr[0], $arr[1]);
    
16.         print "@arr\n" if $result eq "pass";
    
17. }
    
18. close IN2;
    
19. 
    
20. sub do(){
    
21.         my ($k, $p, $result) =@_;
    
22.         foreach my $start (sort {$a<=>$b} keys %{$ref->{$k}}) {
    
23.                         foreach my $end (sort {$a<=>$b} keys %{$ref->{$k}->{$start}}) {
    
24.                                 $result = "fail" if ($p >=$start and $p <=$end);
    
25.                         }
    
26.         }
    
27.         $result ||= "pass";
    
28.         return $result;
    
29. }
    

復(fù)制代碼

這樣可以嗎？

yestreenstars

能否解釋一下結(jié)果是怎么來的？

方小蘭

是生物問題，樓上學(xué)生物的果真神人！

是這樣的，1.txt是區(qū)間 （編碼區(qū)）
2.txt是位點(diǎn)  （堿基位點(diǎn)）
我的需求是找出那些不位于編碼區(qū)的堿基



回復(fù) 3# yestreenstars