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求助、這段代碼怎么理解呢?? [復(fù)制鏈接]

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1 [收藏(0)] [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-10-10 19:56 |只看該作者 |倒序?yàn)g覽
#/usr/bin/perl -w
my $input=shift;
$/=">";
open(IN,$input) || die "cannot open the file, please check it!\n";
open(OUT,'>temp.fa');
while (<IN>) {
        chomp;
        if ($_=~/^(.+?)\n(.*)$/s) {
                my $head=$1;
                my $seq=$2;
                $seq=~s/\n//g;
                print OUT ">$head\n"."$seq\n";
        }
}
close IN;

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2 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-10-10 21:26 |只看該作者
是對(duì)fasta文件做一些處理。把多行展示的序列弄成一行展示回復(fù) 1# bhbperl


   

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3 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-10-10 22:28 |只看該作者
是的,就是其中有的部分不理解,回復(fù) 2# felix0608


   

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4 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-10-10 22:30 |只看該作者
例如($_=~/^(.+?)\n(.*)$/s這一行。回復(fù) 2# felix0608


   

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發(fā)表于 2014-10-11 00:05
這個(gè)代碼寫的有些繁瑣。less *fa|perl -pe 'chomp;s/^|$/\n/g if /^>/;'|sed 1d > out.fa 這樣也能實(shí)現(xiàn)你的目的
回復(fù) 2# felix0608


   

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發(fā)表于 2014-10-11 00:06

這個(gè)代碼寫的有些繁瑣。less *fa|perl -pe 'chomp;s/^|$/\n/g if /^>/;'|sed 1d > out.fa 這樣也能實(shí)現(xiàn)你的目的
回復(fù) 4# bhbperl


   

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7 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-10-11 00:06 |只看該作者
回復(fù) 4# bhbperl 正則匹配而已。


   
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