[perl求助]知道位置找出序列

xiaotuoba001

序列文件
>chr01
AATTAACAATCTATAGCGAAATCATTCCTCCTTAACCTAGAATCTAAATCCAGAAGACGA
ATCGGCTAATCAAACGACTAACGAAGAAACAATCTGAGGATTCGGGAAAAGAACTTTTAC
CTTCTCTGCGTCGCTTTCGCTTCTCTGAATTCAAATTAGTGCTCCGATCTCGAAAAGGGA
AGATAATGAAAGTAATCTCACGTGTAGGGCTGTTGATATTTAATTTATAGGCAACGATGT
CAAAAGCAAGTTGACGATCCTACGGTTGTTATCGCTCATCGGTGTGTTTCTCGTGTTTCT
TAATCGTACCGACTAAAATACCACAATATGTGTTTTCTCTCAGCCAGTCAACGGTTCAGA
TCTACCGTTTACACGTTTGACGAGGATCGCCAATCCTACGTGGTTGATTCCTATTGGTTG
AATACTAAACGTCACGGATCGATGACATCAACCGTTCTAATGTAGAAATATAATGGGCTT
AAAGATAAGGCCCATTAATTACAGAATCCTACGGGCACGTTACGTGCCGGTTTAGTTTAT
TTTGCATTAAAAACCAATTTCGGAGTCGTCATCTTCCTCTTCGCCCAGATTCACTTCCTT
CGAGAAGATTCGCATCATTTTCCCAGGTATAGATTCTCTGACGAGATCTGATTCTAGTTT
GTTGCTTATTGTTCTTGTAGATTCGAATCCGGCGATTATCAATTGCATTTCGTGCTGGAT
TCAATTCGAAAGATCCGATCTAATCGTTTTGGTTGGTGTTGATTCAGTTATGGATTGGCA
AGGACAGAAACTAGCGGAGCAGCTGATGCAGATCCTGCTCTTGATCGCCGCCGTTGTGGC
GTTCGTCGTTGGTTACACGACGGCGTCGTTTAGGACGATGATGTTGATTTACGCGGGAGG
GGTTGGTGTCACGACGTTGATCACGGTGCCGAACTGGCCATTCTTTAACCGTCATCCACT
CAAGTGGTTGGAACCAAGTGAAGCGGAGAAGCATCCTAAACCGGAAGTCGTTGTTAGCTC
GAAGAAGAAGTCATCTAAAAAGTAGCAAATCGTCTTTTGTAATCTCTCTTTTTTTTCTAG


根據(jù)下面的第四列和第五列的位置信息找出上面對(duì)應(yīng)的序列
chr01  Cufflinks       transcript      142     498   

請(qǐng)各位大神幫忙指點(diǎn)一下。

huang6894

最簡(jiǎn)單但是很笨的方法是，定義>為段落符號(hào)，>后的字符串作為key，后面的整段join成一個(gè)字符串作為value然后substr~

xiaotuoba001

好~\(^o^)/~
我去試試看
~
回復(fù) 2# huang6894


   

felix0608

1. #! /usr/bin/perl -w
   
2. use strict;
   
3. die "usage:perl $0 <fa.file><Cufflink.file>\n" unless @ARGV==2;
   
4. my ($fa,$cuf)=@ARGV;
   
5. my %ha;
   
6. my $name;
   
7. open IN,$fa||die;
   
8. while(<IN>){
   
9.         chomp;
   
10.         if(/>(\S+)/){
    
11.                 $name = $1;
    
12.         }
    
13.         else{
    
14.                 $ha{$name} .= $_;
    
15.         }
    
16. }
    
17. close IN;
    
18. 
    
19. open IN,$cuf||die;
    
20. while(<IN>){
    
21.         chomp;
    
22.         my @p=split/\t/,$_;
    
23.         if(exists $ha{$p[0]}){
    
24.                 my $out = uc(substr($ha{$p[0]},($p[3]-1),($p[4]-$p[3]+1)));
    
25.                 print "$_\t$out\n";
    
26.         }
    
27. }
    
28. close IN;

復(fù)制代碼

回復(fù) 1# xiaotuoba001


   

chenhao392

http://bedtools.readthedocs.org/ ... tools/getfasta.html