【急】【再求助】如何用awk命令統(tǒng)計fa序列的長度，要去掉換行符

kamadevin

如題，如何用awk命令統(tǒng)計fa序列的長度
例:
>gene1
AGCTAGCT
>gene2
AGCTAGCTAGCT
>gene3
AGCTAGCTAGCTAGCT

想要得到的結(jié)果是
gene1     8
gene2     12
gene3     16

gene和數(shù)字之間要用\t分開

該如何用awk命令實(shí)現(xiàn)？

補(bǔ)充，

序列會很長，當(dāng)序列超過一行時會跳到下一行，中間應(yīng)該夾了一個換行符
用剛才幾位的命令讀的時候沒有去掉換行符
會讀出空名字和序列數(shù)
求如何解決！

WilliBhamlll

1. awk -F\> '/>/{s=$2;getline;print s"\t"length}' file
   

復(fù)制代碼

expert1

讀取NR%2==1的行當(dāng)做key,NR%2==0的行，存數(shù)組里面，
最后len(arry)就能獲取長度了，當(dāng)然key也打印了。

代碼從略。

kamadevin

謝謝大神，已解決！

LikeLx

1. awk '/^>/{getline s;sub(/>/,"");print $0"\t"length(s)}'

復(fù)制代碼

li0924

1. awk -F">" '{getline s;print $2 "\t" length(s)}'

復(fù)制代碼

yestreenstars

1. awk '{sub(/>/,"");getline s;print $0"\t"length(s)}'

復(fù)制代碼

54nwq

1. awk '{sub(/>/,"");printf(NR%2==0)?" "length($0)ORS:$0}'

復(fù)制代碼

我是一隻羊

1. awk '/>/{i=substr($1,2);next}{b[i]+=length($0)}END{for(j=0;j++<asorti(b,c);)print c[j],b[c[j]]}' inputfile
   

復(fù)制代碼

我愛你我的菜

awk '/gene/{printf $0" ";getline s;print length(s)}' test.txt