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[文本處理] 將‘chr1’的下面序列整合到一起，‘chr2’的下面序列整合到一起 [復(fù)制鏈接]

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1樓 [收藏(0)] [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-05-12 19:59 |只看該作者 |倒序?yàn)g覽
請(qǐng)教各路大神，怎樣處理下面文件，即將‘chr1’的下面序列整合到一起，‘chr2’的下面序列整合到一起
>chr1|3207217|3213438|100
GATTGCAAAATTACAAGTCAAGAATTTGCAAGATTGAAGTGTCTGTTGGATTAATTAAC
TGCAATTCATCTCCAGTAAAATTTGGTAAGTTCCAATGTTTATGAAAGAAGAGTGGAGG
ATCCTGTTGGATTGTTTGGCTGGACACTATTACATTGGAACTGTGTTCACAGAATCAAA
GCTGTGTTCCACCTGGGAGGGTG
>chr1|3216868|3421701|100
TAGCTGATGGGCTTTTTGTCATCTCGGGAGTCCCGAAGAGCCTTCTGGTAGGAGGCTAG
GGCCCAAGCCAAGGACACAAGGGAGGCTGCTGCTGTGAAACCTTGGAGGGCCTGTAAGC
TGTGAGTCTGTACAATAATGCAGAGCTGCAGGACCAATTGTGGAGCACTTTCCAGAAAA
GTGGCTAGCAGATGCAGCATGCT
>chr2|11170691|11181854|100
AAGAAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACT
GCACTGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGACCTTCTGTCTTCAATAAC
ATATTCTCCTAAATTGGAACGTAAGACAACAGAGTGTGTGACACCAATGGACAGTGACA
>chr2|11170691|11184445|100
AAGAAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACT
GCACTGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGATGACTGCAACAGCAACAG
GAATTCCATTGCTTCCTTCACGAGTATCTGCAGCAGCCAGTGCAGTTCCTACTTCCACA


>chr1
GATTGCAAAATTACAAGTCAAGAATTTGCAAGATTGAAGTGTCTGTTGGATTAATTAACT
GCAATTCATCTCCAGTAAAATTTGGTAAGTTCCAATGTTTATGAAAGAAGAGTGGAGGAT
CCTGTTGGATTGTTTGGCTGGACACTATTACATTGGAACTGTGTTCACAGAATCAAAGCT
GTGTTCCACCTGGGAGGGTGTAGCTGATGGGCTTTTTGTCATCTCGGGAGTCCCGAAGAG
CCTTCTGGTAGGAGGCTAGGGCCCAAGCCAAGGACACAAGGGAGGCTGCTGCTGTGAAAC
CTTGGAGGGCCTGTAAGCTGTGAGTCTGTACAATAATGCAGAGCTGCAGGACCAATTGTG
GAGCACTTTCCAGAAAAGTGGCTAGCAGATGCAGCATGCT

>chr2
AAGAAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACTG
CACTGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGACCTTCTGTCTTCAATAACAT
ATTCTCCTAAATTGGAACGTAAGACAACAGAGTGTGTGACACCAATGGACAGTGACAAAG
AAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACTGCAC
TGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGATGACTGCAACAGCAACAGGAATT
CCATTGCTTCCTTCACGAGTATCTGCAGCAGCCAGTGCAGTTCCTACTTCCACA

謝謝！

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2樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-05-12 21:24 |只看該作者
又是一個(gè)玩“生物”的么？

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3樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-05-12 21:43 |只看該作者
回復(fù) 2# reyleon


    是啊，還請(qǐng)大神幫助啊，謝謝！

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ChinaUnix元老 日期:2015-02-02 08:55:39CU十四周年紀(jì)念徽章 日期:2019-08-20 08:30:3720周年集字徽章-周 日期:2020-10-28 14:13:3020周年集字徽章-20 日期:2020-10-28 14:04:3019周年集字徽章-CU 日期:2019-09-08 23:26:2519周年集字徽章-19 日期:2019-08-27 13:31:262016科比退役紀(jì)念章 日期:2022-04-24 14:33:24
4樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-05-12 21:46 |只看該作者
合并之前是：
GATTGCAAAATTACAAGTCAAGAATTTGCAAGATTGAAGTGTCTGTTGGATTAATTAAC

合并之后是：
GATTGCAAAATTACAAGTCAAGAATTTGCAAGATTGAAGTGTCTGTTGGATTAATTAACT

規(guī)律是什么？

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5樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-05-12 21:48 |只看該作者
>chr1|3207217|3213438|100
GATTGCAAAATTACAAGTCAAGAATTTGCAAGATTGAAGTGTCTGTTGGATTAATTAAC
TGCAATTCATCTCCAGTAAAATTTGGTAAGTTCCAATGTTTATGAAAGAAGAGTGGAGG
ATCCTGTTGGATTGTTTGGCTGGACACTATTACATTGGAACTGTGTTCACAGAATCAAA
GCTGTGTTCCACCTGGGAGGGTG

文件一共幾行？2行么，還是拷貝上來變形了？

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6樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-05-12 21:55 |只看該作者
回復(fù) 4# Shell_HAT


    拷的時(shí)候出問題，只是將兩個(gè)chr1的序列放一起

>chr1|3207217|3213438|100
GATTGCAAAATTACAAGTCAAGAATTTGCAAGATTGAAGTGTCTGTTGGATTAATTAACT
GCAATTCATCTCCAGTAAAATTTGGTAAGTTCCAATGTTTATGAAAGAAGAGTGGAGGAT
CCTGTTGGATTGTTTGGCTGGACACTATTACATTGGAACTGTGTTCACAGAATCAAAGCT
GTGTTCCACCTGGGAGGGTG
>chr1|3216868|3421701|100
TAGCTGATGGGCTTTTTGTCATCTCGGGAGTCCCGAAGAGCCTTCTGGTAGGAGGCTAGG
GCCCAAGCCAAGGACACAAGGGAGGCTGCTGCTGTGAAACCTTGGAGGGCCTGTAAGCTG
TGAGTCTGTACAATAATGCAGAGCTGCAGGACCAATTGTGGAGCACTTTCCAGAAAAGTG
GCTAGCAGATGCAGCATGCT
>chr2|11170691|11181854|100
AAGAAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACTG
CACTGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGACCTTCTGTCTTCAATAACAT
ATTCTCCTAAATTGGAACGTAAGACAACAGAGTGTGTGACACCAATGGACAGTGACA
>chr2|11170691|11184445|100
AAGAAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACTG
CACTGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGATGACTGCAACAGCAACAGGA
ATTCCATTGCTTCCTTCACGAGTATCTGCAGCAGCCAGTGCAGTTCCTACTTCCACA


>chr1
GATTGCAAAATTACAAGTCAAGAATTTGCAAGATTGAAGTGTCTGTTGGATTAATTAACT
GCAATTCATCTCCAGTAAAATTTGGTAAGTTCCAATGTTTATGAAAGAAGAGTGGAGGAT
CCTGTTGGATTGTTTGGCTGGACACTATTACATTGGAACTGTGTTCACAGAATCAAAGCT
GTGTTCCACCTGGGAGGGTGTAGCTGATGGGCTTTTTGTCATCTCGGGAGTCCCGAAGAG
CCTTCTGGTAGGAGGCTAGGGCCCAAGCCAAGGACACAAGGGAGGCTGCTGCTGTGAAAC
CTTGGAGGGCCTGTAAGCTGTGAGTCTGTACAATAATGCAGAGCTGCAGGACCAATTGTG
GAGCACTTTCCAGAAAAGTGGCTAGCAGATGCAGCATGCT

>chr2
AAGAAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACTG
CACTGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGACCTTCTGTCTTCAATAACAT
ATTCTCCTAAATTGGAACGTAAGACAACAGAGTGTGTGACACCAATGGACAGTGACAAAG
AAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACTGCAC
TGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGATGACTGCAACAGCAACAGGAATT
CCATTGCTTCCTTCACGAGTATCTGCAGCAGCCAGTGCAGTTCCTACTTCCACA


謝謝！

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7樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-05-12 21:57 |只看該作者
回復(fù) 5# expert1


    可以的，謝謝！

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8樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-05-12 22:20 |只看該作者
回復(fù) 1# 米蘭的_小木匠
  1. awk '/^>/{sub(/\|.*/,"");s=$0;next}{a[s]=a[s]""$0}END{for(i in a)print i"\n"a[i]}' file
  2. >chr1
  3. GATTGCAAAATTACAAGTCAAGAATTTGCAAGATTGAAGTGTCTGTTGGATTAATTAACTGCAATTCATCTCCAGTAAAATTTGGTAAGTTCCAATGTTTATGAAAGAAGAGTGGAGGATCCTGTTGGATTGTTTGGCTGGACACTATTACATTGGAACTGTGTTCACAGAATCAAAGCTGTGTTCCACCTGGGAGGGTGTAGCTGATGGGCTTTTTGTCATCTCGGGAGTCCCGAAGAGCCTTCTGGTAGGAGGCTAGGGCCCAAGCCAAGGACACAAGGGAGGCTGCTGCTGTGAAACCTTGGAGGGCCTGTAAGCTGTGAGTCTGTACAATAATGCAGAGCTGCAGGACCAATTGTGGAGCACTTTCCAGAAAAGTGGCTAGCAGATGCAGCATGCT
  4. >chr2
  5. AAGAAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACTGCACTGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGACCTTCTGTCTTCAATAACATATTCTCCTAAATTGGAACGTAAGACAACAGAGTGTGTGACACCAATGGACAGTGACAAAGAAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACTGCACTGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGATGACTGCAACAGCAACAGGAATTCCATTGCTTCCTTCACGAGTATCTGCAGCAGCCAGTGCAGTTCCTACTTCCACA
復(fù)制代碼

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9樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-05-12 23:03 |只看該作者
  1. awk -F\| '/>/{t=$1;next}{a[t]=a[t]$0}END{for(i in a)print i"\n"a[i]}'
復(fù)制代碼

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10樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-05-13 10:21 |只看該作者
http://www.72891.cn/thread-4137541-1-1.html

雖然掩蓋一下，其實(shí)還是變形的月經(jīng)貼之一。
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