作業(yè)管理torque和maui使用問題：error while loading shared libraries: libimf.so

weitongwei

嘗試組建一個(gè)集群(系統(tǒng)centos6.5)，按照網(wǎng)上的安裝過程http://blog.csdn.net/educast/article/details/7168467，安裝了Torque2.5.13和Maui3.3.1,并且參考了南開大學(xué)張鋆的集群構(gòu)建教程，安了了mpiexec 0.84替代pbs_sched.
在主機(jī)root下將pbs_server，pbs_mom,maui都正常啟動(dòng)了，子節(jié)點(diǎn)上pbs_mon也正常啟動(dòng)了。 pbsnodes可以看到各個(gè)節(jié)點(diǎn)的情況。
但是測(cè)試一個(gè)任務(wù)時(shí)$ qsub submit.pbs, terminal下沒有出錯(cuò)信息,但是result文件是空的。查看了first_task.o0，發(fā)現(xiàn)里面有出錯(cuò)信息
/usr/local/sbin/pbs_iff: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory
mpiexec: Error: get_hosts: pbs_connect: Unauthorized Request .
查找libimf.so，發(fā)現(xiàn)在/opt/intel/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/intel64,/opt/intel/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/ia32,/opt/intel/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/mic里面都有，嘗試將他們都在/etc/profile和/etc/bashrc里面添到到LD_LIBRARY_PATH，并且source了一下。但是仍然沒決決問題。

其實(shí)這 個(gè)libimf.so找到到，還發(fā)生在$sudo /etc/init.d/pbs_server start時(shí)。只有在su登錄后，才能正常啟動(dòng)。
[root@magnetics weitong]# /etc/init.d/pbs_server start
/var/spool/torque/server_priv/serverdb
Starting TORQUE Server:                                    [確定]

[weitong@magnetics ~]$ sudo /etc/init.d/pbs_server start
[sudo] password for weitong:
/var/spool/torque/server_priv/serverdb
Starting TORQUE Server: /usr/local/sbin/pbs_server: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory
                                                           [失敗]


*附***submit.pbs*****
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=mag02:ppn=8+magnetics:ppn=8 （使用mag02上8個(gè)CPU和magnetics上8個(gè)CPU）
#PBS -q batch
#PBS -j oe
#PBS -N first_task  (任務(wù)名字，隨便取)
cd /home/weitong
/usr/local/mpitorque/bin/mpiexec  ./Work/Computing/hellocluster > result

芬達(dá)7402

應(yīng)該還是環(huán)境變量中庫相關(guān)的路徑?jīng)]有設(shè)置正確。切換到對(duì)應(yīng)用戶后ldd /usr/local/sbin/pbs_server|grep "not found" 看看還有哪些庫找不到，把這些庫所在的目錄加到LD_LIBRARY_PATH里就好了。

weitongwei

事實(shí)上我第一個(gè)帖子里面已經(jīng)說了，我已經(jīng)將/opt/intel/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/intel64路徑加入到了LD_LIBRARY_PATH。

后來我的解決辦法是：將/opt/intel/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/intel64路徑加入到/etc/ld.so.conf, 然后# ldconfig /etc/ld.so.conf,才解決問題。

但是我仍然疑惑為何LD_LIBRARY_PATH不起作用。

nntp

真實(shí)調(diào)用的shell 是什么SHELL? csh/tcsh/bash? 這個(gè)要查清楚喲. 否則在console下看LD_LIBRARY_PATH和真正執(zhí)行腳本可能是不一樣的。

weitongwei

回復(fù) 4# nntp

我不知道真實(shí)調(diào)用的shell是什么，如何查看。
我用的就是centos6.5默認(rèn)的gnome下terminal, 可能是bash吧。


   

psfan

回復(fù) 5# weitongwei

腳本的第一行#! XXXX
就是定義解釋器的。

   

weitongwei

回復(fù) 6# psfan

謝謝，指教。

那真實(shí)調(diào)用的shell又是怎么回事？ 這些shell，centos6.5默認(rèn)都安裝了嗎？


   

psfan

weitongwei 發(fā)表于 2014-05-13 10:54
回復(fù) 6# psfan

謝謝，指教。

不清楚默認(rèn)裝哪些東西，我都是自定義安裝的。