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現(xiàn)在需要編一個(gè)數(shù)理統(tǒng)計(jì)的程序，弄不出來了，求大神幫忙，萬分萬分感謝！�。� [復(fù)制鏈接]

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丑牛 日期:2014-01-21 08:26:26卯兔 日期:2014-03-11 06:37:43天秤座 日期:2014-03-25 08:52:52寅虎 日期:2014-04-19 11:39:48午馬 日期:2014-08-06 03:56:58
11樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2013-11-18 17:55 |只看該作者
親親？
x Cluster_1 y
x Cluster_2 y
x Cluster_2 y
x Cluster_3 y
這樣Cluster_2 條數(shù)，對數(shù)是？

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天蝎座 日期:2013-11-25 10:40:37
12樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2013-11-18 23:58 |只看該作者
本帖最后由 dqw233 于 2013-11-19 00:00 編輯
  1. use strict;
  2. use warnings;
  3. use feature 'say';
  4. my @lines = <DATA>;
  5. my %m;
  6. my %d;
  7. for (@lines) {
  8.    my @matchs = $_ =~ /(Cluster_\d+)/g;
  9.    $m{$_} ++ for @matchs;
  10. }


  13. while (@lines) {
  14.     my ($fl, $nl) = (shift @lines, shift @lines);
  15.     my @fm = $fl =~ /(Cluster_\d+)/g;
  16.     my @nm = $nl =~ /(Cluster_\d+)/g;
  17.     next unless exists $fm[0] && exists $nm[0];
  18.     $d{$fm[0]} ++ if $fm[0] eq $nm[0];
  19.     next unless exists $fm[1] && exists $nm[1];
  20.     $d{$fm[1]} ++ if $fm[1] eq $nm[1];
  21. }


  24. say "$_  $m{$_} ".($d{$_}//0) for keys %m;



  28. __DATA__
  29. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1221:2186        Cluster_29235        XA:Z:Cluster_67972,+589,100M,0;
  30. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1221:2186        Cluster_29235        XA:Z:Cluster_67972,-771,100M,1;
  31. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1270:2135        Cluster_39664      
  32. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1270:2135        Cluster_39664      
  33. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1483:2147        Cluster_33745      
  34. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1483:2147        Cluster_67963      
  35. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1318:2150        Cluster_79602        XA:Z:Cluster_42584,-594,100M,0;
  36. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1318:2150        Cluster_79602        XA:Z:Cluster_42584,+409,100M,1;
  37. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1383:2209        Cluster_18421      
  38. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1383:2209        Cluster_18421               
  39. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1676:2131        Cluster_69157        XA:Z:Cluster_29478,+828,100M,0;
  40. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1676:2131        Cluster_69157        XA:Z:Cluster_29478,-1069,100M,0;
  41. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1543:2146        Cluster_41540      
  42. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1543:2146        Cluster_41540      
  43. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1725:2175        Cluster_40792      
  44. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1725:2175        Cluster_40789        XA:Z:Cluster_40790,-372,100M,0;
  45. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1516:2211        Cluster_6748        XA:Z:Cluster_54877,-968,100M,3;
  46. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1516:2211        Cluster_6748        XA:Z:Cluster_54877,+711,100M,0;
  47. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1902:2088        Cluster_6876      
  48. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1902:2088        Cluster_6876        
復(fù)制代碼

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13樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2013-11-19 08:44 |只看該作者
你是學(xué)生物的吧，這個(gè)是二代測序的結(jié)果？
你的要求用一個(gè)Hash就可以實(shí)現(xiàn)的。

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獅子座 日期:2014-02-25 09:46:33
14樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2013-11-19 09:44 |只看該作者
我不是學(xué)生物的，但是是從事這一行業(yè)，初學(xué)者，不懂，請教具體的代碼怎樣實(shí)現(xiàn)，現(xiàn)在想兩行兩行的讀取文件，之前是一行一行讀取的，用了三個(gè)哈希還有好多判斷語句，太占內(nèi)存了，所以想兩行兩行的讀取文件來達(dá)到優(yōu)化的目的，具體代碼請教一下？？？回復(fù) 13# lxb456811


   

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丑牛 日期:2014-01-21 08:26:26卯兔 日期:2014-03-11 06:37:43天秤座 日期:2014-03-25 08:52:52寅虎 日期:2014-04-19 11:39:48午馬 日期:2014-08-06 03:56:58
15樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2013-11-19 10:13 |只看該作者
親？這樣能明白了。
  1. #!/usr/bin/perl -w

  3. my ( %number, %pair );
  4. while (<DATA>) {
  5.     my %n1   = map { $_ => 1 } /(Cluster_\d+)/g;
  6.     my @n2   = <DATA> =~ /(Cluster_\d+)/g;
  7.     my @pair = grep { $n1{$_} } @n2;
  8.     $number{$_}++ for keys %n1, @n2;
  9.     $pair{$_}++ for @pair;
  10. }
  11. print join( "\t", $_, $number{$_} // 0, $pair{$_} // 0 ), "\n" for keys %number;

  13. __DATA__
  14. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1221:2186        Cluster_29235        XA:Z:Cluster_67972,+589,100M,0;
  15. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1221:2186        Cluster_29235        XA:Z:Cluster_67972,-771,100M,1;
  16. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1483:2147        Cluster_29235        
  17. HWI-ST1106:755:H0V1MADXX:2:1101:1483:2147        Cluster_67963  
復(fù)制代碼
  1. Cluster_29235   3       1
  2. Cluster_67963   1       0
  3. Cluster_67972   2       1
復(fù)制代碼
回復(fù) 1# 旋轉(zhuǎn)小馬


   

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獅子座 日期:2014-02-25 09:46:33
16樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2013-11-19 15:27 |只看該作者
嗯嗯，這樣就實(shí)現(xiàn)了，不過對我這初學(xué)者來說，你寫代碼有點(diǎn)高端，看不大懂，當(dāng)然如果把最后的輸出文件中的第二列或者第三列由大到小進(jìn)行一下排序那就最好了回復(fù) 15# pitonas


   

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17樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2013-11-19 16:57 |只看該作者
回復(fù) 15# pitonas


    學(xué)習(xí)了。

my @n2   = <DATA> =~ /(Cluster_\d+)/g;
這句是不是將整個(gè)文件的cluster_*組成 @n2？
是否可以放在循環(huán)外？

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處女座 日期:2013-11-20 23:41:20雙子座 日期:2014-06-11 17:20:43戌狗 日期:2014-06-16 11:05:00處女座 日期:2014-07-22 17:30:47獅子座 日期:2014-07-28 15:38:17金牛座 日期:2014-08-05 16:34:01亥豬 日期:2014-08-18 13:34:25白羊座 日期:2014-09-02 15:03:55金牛座 日期:2014-11-10 10:23:58處女座 日期:2014-12-02 09:17:52程序設(shè)計(jì)版塊每日發(fā)帖之星 日期:2015-06-16 22:20:002015亞冠之塔什干火車頭 日期:2015-06-20 23:28:22
18樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2013-11-20 15:12 |只看該作者
  1. #!/usr/bin/perl

  3. while (<>) {
  4.         if (!($.%2)) {
  5.                 while (/(Cluster_\d+)/g) {
  6.                         $hash1{$1}++;
  7.                         $hash2{$1}++ if $1 ~~ @array;
  8.                 }
  9.                 undef @array;
  10.         } else {
  11.                 while (/(Cluster_\d+)/g) {
  12.                         push @array,$1;
  13.                         $hash1{$1}++;
  14.                 }
  15.         }
  16. }
  17. END {
  18.         foreach (sort keys %hash1) {
  19.                 $hash2{$_} = 0 if ! $hash2{$_};
  20.                 print "$_\t$hash1{$_}\t$hash2{$_}\n";
  21.         }
  22. }
復(fù)制代碼

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19樓 [報(bào)告]
發(fā)表于 2013-11-21 00:10 |只看該作者
測試下這段代碼：my $rst = {};
while (<FH>) {
        while (/(cluster_\d+)/ig) {       
                my $ID = $1;
               
                if (exists ${$rst}{$ID}) {
                        ${$rst}{$ID}{ts}++;
                        if (${$rst}{$ID}{ts}%2==0) {
                       
                        ${$rst}{$ID}{ds}++;
                        }
                next;
                }
                ${$rst}{$ID}{ts}++;
        }
       
}
while (my ($key,$value)=each %$rst) {
        print "$key                $$value{ts}                $$value{ds}\n";
}
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