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新人求助，請各位大神幫幫忙！�。∪f分感謝！ [復(fù)制鏈接]

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獅子座 日期:2014-02-25 09:46:33
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1樓 [收藏(0)] [報告]
發(fā)表于 2013-10-23 09:53 |只看該作者 |倒序瀏覽
本帖最后由 旋轉(zhuǎn)小馬 于 2013-10-23 11:12 編輯

生物信息中，這是一fastq文檔，每四行是一個循環(huán)，現(xiàn)在我要看每個循環(huán)的第二行的堿基“A”或者“T”是否連續(xù)超過40個以上（包括40個），如果是的話，把這整個循環(huán)去掉，最后輸出一個文件，用perl怎樣實現(xiàn)？
@HWI-D00318:33:H166PADXX:2:1101:1337:2089 1:N:0:TAGCTT
AAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+
CCCFFADFHHHHHJJJJJJJHFDDDDDDDDDDDDDDDDDDBDBDDDDDDDDDBDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
@HWI-D00318:33:H166PADXX:2:1101:1493:2146 1:N:0:TAGCTT
CAGATACACAGGAGTATTCAAAACCCTGGCAAGTATTGATGACAAACCGTCCCGTTTCGAAATTTTGATACCATTGGTACAAACTTTAGTTCGCGACAAT
+
CCCFFFFFHHHHHJGIJJJJJJJJJJJJJJJJJHIJJJJJJJJJJJJIIGIJJJJIJIJJJJHHHHHFFFFFFFEEEAEEDDDDDDDDDDDEDDDDDDDD
@HWI-D00318:33:H166PADXX:2:1101:1515:2150 1:N:0:TAGCTT
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+
CCCFFFFFHHHHHJJJHFDDDDDDD8BDD@BDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDBDDDDDDDBDDDDDDDDBBDDDDBDDDDDDDDDDDDDDDDDD
@HWI-D00318:33:H166PADXX:2:1101:1798:2219 1:N:0:TAGCTT
CCTAAAGCCTAAGAGAGCAGGACTCAGGCTGGAGGCCTCTGCCTGGCCAGGATGAGGCTGAGGGCTTGGGGCAAAATTACTACCTGTCCTGATACCTGCA
+
CCCFFFFFHHHHHJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJIJJJIJJJJJGIJJJJJJJIHHHDFFFDDDDDDDDDDDDDEDDDDDDDDDDDDDDDDDD
@HWI-D00318:33:H166PADXX:2:1101:2167:2087 1:N:0:TAGCTT
GCTGGGATGGGCCTCCAACTCCTCTGACAGGGCCTGCTAATCCAGCAGGAGCCTGGGGAATAGGTACACCTGCTGGCACTCCTCTGCCAGCTGCTCTTCC
+
CCCFFFFFHHHGHJJJJJJJJJIJJJJJJJIJJJJJJJJJJJJJJJJJJJGHJJIJJJJHHHHHBCFFFFEEEEEDDDDDDDDDDCDDDDDDDDDDDDDD
@HWI-D00318:33:H166PADXX:2:1101:2072:2182 1:N:0:TAGCTT
ATGCTGAGCTATCAGGTGTTCAGCCACAGTGGAGTTCTCCCCACTGCCTGTTGCTGTCATCCGGGCCACGTGGTCTACACCGATCCGTTCAGCTTCCTCA
+
CCCFFFFFHHHHHJJJGHIIJJJJJJJJJHIIHIJJJJJJJJJJJIJJJJIJJIJJHIJJJJJJJJHFFFCDDCEDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
@HWI-D00318:33:H166PADXX:2:1101:2852:2107 1:N:0:TAGCTT
ATTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTACTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
+
@@@DDDDDHHHHHIIIIIIIIIE',((-(5>5<?B339BBBBBBBBBBBB5@BBBBBBBB7@BBBBBB8BB9@@BBBBBB>BB5@BBBBBBBBBBBBBBB
@HWI-D00318:33:H166PADXX:2:1101:4032:2050 1:N:0:TAGCTT
GATAATATCCGGGTAGGCGCAATCACTTTCGTCTACTCCGTTACAAAGCGAGGCTGGGTATTTCCCGGCCTTTCTGTTATCCGAAATCCACTGAAAGCAC
+
CCCFFFFFHHHHHBGHIJJJJJJJJIJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJIJJJJHFFFDDACDEEFEDDDDDDDDDDDEDDEDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD

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丑牛 日期:2014-01-21 08:26:26卯兔 日期:2014-03-11 06:37:43天秤座 日期:2014-03-25 08:52:52寅虎 日期:2014-04-19 11:39:48午馬 日期:2014-08-06 03:56:58
2樓 [報告]
發(fā)表于 2013-10-23 12:31 |只看該作者
  1. #!/usr/bin/perl -w

  3. my ( $in, $out ) = ( 'data.txt', 'save.txt' );
  4. open my $I, '<', $in  or die "$in\t$!";
  5. open my $S, '>', $out or die "$out\t$!";

  7. while (<$I>) {
  8.     my $line = <$I>;
  9.     if ( $line =~ /A{40,}/ or $line =~ /T{40,}/ ) { <$I>, <$I> }
  10.     else { print $S $_, $line, <$I> . <$I> }
  11. }

  13. print 'finish';
復(fù)制代碼

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獅子座 日期:2014-02-25 09:46:33
3樓 [報告]
發(fā)表于 2013-10-23 13:18 |只看該作者
結(jié)果不大對呢，就是在第二行中，若出現(xiàn)連續(xù)的“A”或“T”達(dá)到40或以上的時候，這一個循環(huán)去掉的，這里好像沒實現(xiàn)！回復(fù) 2# pitonas


   

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CU十二周年紀(jì)念徽章 日期:2013-10-24 15:41:34子鼠 日期:2013-12-14 14:57:19射手座 日期:2014-04-25 21:23:23
4樓 [報告]
發(fā)表于 2013-10-23 13:40 |只看該作者
期望的結(jié)果什么？ LZ貼出來{:3_204:}

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獅子座 日期:2014-02-25 09:46:33
5樓 [報告]
發(fā)表于 2013-10-23 13:54 |只看該作者
我這要是能得出結(jié)果就不求助大家了，上面的文檔4行一循環(huán)，如果在每個循環(huán)中的第二行中，若“A”或“T”連續(xù)出現(xiàn)40次以上（包括40次），那么就把這一個循環(huán)去掉，最后輸出剩下的文檔就可以了！回復(fù) 4# mcshell


   

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丑牛 日期:2014-01-21 08:26:26卯兔 日期:2014-03-11 06:37:43天秤座 日期:2014-03-25 08:52:52寅虎 日期:2014-04-19 11:39:48午馬 日期:2014-08-06 03:56:58
6樓 [報告]
發(fā)表于 2013-10-23 13:55 |只看該作者
這是實現(xiàn), 8個循環(huán) -> 5個循環(huán) save.txt
  1. @HWI-D00318:33:H166PADXX:2:1101:1493:2146 1:N:0:TAGCTT
  2. CAGATACACAGGAGTATTCAAAACCCTGGCAAGTATTGATGACAAACCGTCCCGTTTCGAAATTTTGATACCATTGGTACAAACTTTAGTTCGCGACAAT
  3. +
  4. CCCFFFFFHHHHHJGIJJJJJJJJJJJJJJJJJHIJJJJJJJJJJJJIIGIJJJJIJIJJJJHHHHHFFFFFFFEEEAEEDDDDDDDDDDDEDDDDDDDD
  5. @HWI-D00318:33:H166PADXX:2:1101:1798:2219 1:N:0:TAGCTT
  6. CCTAAAGCCTAAGAGAGCAGGACTCAGGCTGGAGGCCTCTGCCTGGCCAGGATGAGGCTGAGGGCTTGGGGCAAAATTACTACCTGTCCTGATACCTGCA
  7. +
  8. CCCFFFFFHHHHHJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJIJJJIJJJJJGIJJJJJJJIHHHDFFFDDDDDDDDDDDDDEDDDDDDDDDDDDDDDDDD
  9. @HWI-D00318:33:H166PADXX:2:1101:2167:2087 1:N:0:TAGCTT
  10. GCTGGGATGGGCCTCCAACTCCTCTGACAGGGCCTGCTAATCCAGCAGGAGCCTGGGGAATAGGTACACCTGCTGGCACTCCTCTGCCAGCTGCTCTTCC
  11. +
  12. CCCFFFFFHHHGHJJJJJJJJJIJJJJJJJIJJJJJJJJJJJJJJJJJJJGHJJIJJJJHHHHHBCFFFFEEEEEDDDDDDDDDDCDDDDDDDDDDDDDD
  13. @HWI-D00318:33:H166PADXX:2:1101:2072:2182 1:N:0:TAGCTT
  14. ATGCTGAGCTATCAGGTGTTCAGCCACAGTGGAGTTCTCCCCACTGCCTGTTGCTGTCATCCGGGCCACGTGGTCTACACCGATCCGTTCAGCTTCCTCA
  15. +
  16. CCCFFFFFHHHHHJJJGHIIJJJJJJJJJHIIHIJJJJJJJJJJJIJJJJIJJIJJHIJJJJJJJJHFFFCDDCEDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
  17. @HWI-D00318:33:H166PADXX:2:1101:4032:2050 1:N:0:TAGCTT
  18. GATAATATCCGGGTAGGCGCAATCACTTTCGTCTACTCCGTTACAAAGCGAGGCTGGGTATTTCCCGGCCTTTCTGTTATCCGAAATCCACTGAAAGCAC
  19. +
  20. CCCFFFFFHHHHHBGHIJJJJJJJJIJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJIJJJJHFFFDDACDEEFEDDDDDDDDDDDEDDEDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
復(fù)制代碼

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7樓 [報告]
發(fā)表于 2013-10-23 13:57 |只看該作者
代碼LZ貼出來

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獅子座 日期:2014-02-25 09:46:33
8樓 [報告]
發(fā)表于 2013-10-23 14:02 |只看該作者
納尼？？？我怎么沒得到這結(jié)果�。�！回復(fù) 6# pitonas


   

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獅子座 日期:2014-02-25 09:46:33
9樓 [報告]
發(fā)表于 2013-10-23 14:13 |只看該作者
本帖最后由 旋轉(zhuǎn)小馬 于 2013-10-23 14:15 編輯

  1 #!/usr/bin/perl -w
  2 use strict;
  3 use PerlIO::gzip;
  4 open IN,"1Asel_L2_I010.R1.clean.fastq.gz"or die"Can not open IN.\n";
  5 open OUT,">R1.gz"or die"Can not open endfile.\n";  
  9 while (<IN>){
10         my $line = <IN>;
11         if($line =~/A{40}/ or $line =~/T{40}/){
12         <IN>;
13         <IN>;
14         }else{
15         print OUT $_, $line, <IN> . <IN> }
16 }
17         print 'finish';回復(fù) 7# pitonas


   

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10樓 [報告]
發(fā)表于 2013-10-23 14:36 |只看該作者
please read doc how to use PerlIO::gzip
http://search.cpan.org/~nwclark/PerlIO-gzip-0.18/gzip.pm
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