求用perl取出fastq中的質(zhì)量分數(shù)的腳本

yang7473453

我是一個新手，向各位大神求一個腳本，用perl寫的，但不要用bioperl的模板，要求是：
   將fastq文件中的質(zhì)量數(shù)提取出來，從每一行質(zhì)量數(shù)的最后一個開始倒著來小于等于20的不要，大于20的留下，如果到32bp還沒有大于20的就整行質(zhì)量數(shù)全留下

rubyish

~ 暈，這題目我都看不懂。

yang7473453

回復 2# rubyish

如圖所示fastq格式中每四行為一個組，第四行就是質(zhì)量數(shù)它需要用ASCII轉(zhuǎn)成數(shù)字的形式，我需要的perl腳本就是把每組的第四行質(zhì)量數(shù)提出來，從質(zhì)量數(shù)的右邊倒著一個個的開始比較，大于20的留下，小于等于20的不要，到第32位的時候如果還沒有能留下的，那就一行都留下，這就是我要的perl腳本，麻煩你了
   

afukada

你這個問題沒有給比較明確的條件喔

不同的系統(tǒng)他20的值會不一樣

http://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format

請看下面那一張表

雖然可以從內(nèi)容來猜測

不過還是請你確定一下比較好

yang7473453

回復 4# afukada


    用ASCII碼就可以轉(zhuǎn)了呀

afukada

ascii碼表

http://zh.wikipedia.org/wiki/ASCII

你確定那些ascii碼有小於20的嗎

我的意思是fastq有不同的系統(tǒng)

雖然可以猜測出來你的這個檔案是哪個系統(tǒng)的

不過你還是確認一下會比較好

不然就算高手給你code

還是有可能會出錯

afukada

ascii碼表

http://zh.wikipedia.org/wiki/ASCII

你確定那些ascii碼有小於20的嗎

我的意思是fastq有不同的系統(tǒng)

雖然可以猜測出來你的這個檔案是哪個系統(tǒng)的

不過你還是確認一下會比較好

不然就算高手給你code

還是有可能會出錯

pitonas

回復 7# afukada 你確定那些ascii碼有小於20的嗎


    強！牛！

yang7473453

回復 6# afukada

我用的是windows的
   

Monox

yang7473453 發(fā)表于 2013-09-25 21:00
回復 6# afukada

我用的是windows的

這跟你用什么操作系統(tǒng)沒關(guān)系，F(xiàn)ASTQ文件的質(zhì)量值表示方式不同公司不一樣，即使同一個公司不同版本的測序儀的表示方式都可能不一樣（如果沒記錯的話illumina公司之前使用的格式和現(xiàn)在使用的格式就不一樣，一年多沒從事生物信息行業(yè)了，都不確定了，也懶得去查資料了）。不過好在FASTQ的質(zhì)量值都是用一個范圍的ASCII字符表示，這個字符減去一定值（比如有減32的，也有減其它值的）就是質(zhì)量值。樓上想讓你確定的就是你所說的20是FASTQ里ASCII字符減去多少以后得到的。