請問如何用perl統(tǒng)計一個字符串里面特定字符的個數(shù)？

gigigou

比如說有一個文件，每一行都是類似于以下的字符串（其實是DNA序列）
TCTCATGTGAAAAACTATATCAATAATATAAAAACA
TTGCTGGCTCCGGTGCGCTTGTGACGGCCCGTGGAA
TGTTCAATCGTCTTGAATGCAAAAATTGTTTTATTA
ACATGNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

用perl處理的時候先打開文件，然后while(<IN>
但是這樣每次$_得到的都是整個一行的字符，也就是第一次  $_='TCTCATGTGAAAAACTATATCAATAATATAAAAACA'
我想要統(tǒng)計其中某個特定字符的個數(shù)（比如G的個數(shù)），想用shift,pop，但是變量類型不對
我剛開始學(xué)perl，請教各位應(yīng)該怎么做？
謝謝！

謝謝各位的幫助！
祝大家中秋快樂！

3P主義

$_='TCTCATGTGAAAAACTATATCAATAATATAAAAACA';
my $count = () = /G/g;
print $count, "\n";

xti9er

C:\>perl -e "@a=shift=~/a/g;print scalar(@a)" asdaad
3

afukada

剛好之前有寫過~XD

1. While(<IN>)
   
2. {
   
3.   $all_length=length($_);
   
4.   $_=~s/G//g;
   
5.   $no_G_length=length($_);
   
6.   $G_count=$all_length-$no_G_length;
   
7.   $sum_G_count+=$G_count;
   
8. }
   
9. print $sum_G_count;
   

復(fù)制代碼

thomaslyang

$_='TCTCATGTGAAAAACTATATCAATAATATAAAAACA';
my $count = () = /G/g;
print $count, "\n";
3P主義 發(fā)表于 2011-09-09 16:51

1. #!/usr/bin/python
   
2.   print( "TCTCATGTGAAAAACTATATCAATAATATAAAAACA".count("G"), end="\n");

復(fù)制代碼

1. #!/usr/bin/perl -w
   
2. 
   
3. my $string = "TCTCATGTGAAAAACTATATCAATAATATAAAAACA";
   
4. 
   
5. my $count = 0;
   
6. ++$count while($string =~ m/A/g);

復(fù)制代碼

zzmmgjj

1. perl -0777 -wnl -e 'print s/a//g, "\n"' <filename>

復(fù)制代碼

afukada

再來一個~XD

1. $/="G";
   
2. @G_splice=<DATA>;
   
3. print $G_splice[$#G_splice]=~/G/ ? scalar(@G_splice) : $#G_splice;

復(fù)制代碼

TIMTOWTDI

thomaslyang

zzmmgjj 發(fā)表于 2011-09-09 17:37

1. $_ = "TCTCATGTGAAAAACTATATCAATAATATAAAAACA";
   
2. 
   
3. print s/(A)/$1/g, "\n";

復(fù)制代碼

gigigou

回復(fù) 5# thomaslyang


    謝謝！
實在太感謝了！

gigigou

謝謝以上各位！
非常感謝你們的熱情幫助！
祝大家中秋快樂！