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Chinaunix
標(biāo)題:
交叉比對(duì)，取最大的，求思路或者程序。
[打印本頁(yè)]
作者:
54red
時(shí)間:
2015-09-01 11:30
標(biāo)題:
交叉比對(duì)，取最大的，求思路或者程序。
有兩個(gè)輸入 ：
file1：：：：：gene_list.txt
PEX19
NDUFS2
file2：：：：：NM.txt
NM_015840 ADAR 15 3603
NM_001111 ADAR 15 3681
NM_001193495 ADAR 14 2796
NM_001025107 ADAR 14 2796
NM_002857 PEX19 8 900
NR_036493 PEX19 1 2
NR_036492 PEX19 1 2
NM_001193644 PEX19 8 840
NM_004550 NDUFS2 14 1392
NM_001166159 NDUFS2 13 1374
NM_020435 GJC2 1 1320
NM中第二列（ADAR）在gene_list存在，比如PEX19有四個(gè)符合的，
NM_002857 PEX19 8 900
NR_036493 PEX19 1 2
NR_036492 PEX19 1 2
NM_001193644 PEX19 8 840
第三列取最大的，此處是8，有兩個(gè)，取第四行最大的900，
print OUT NM_002857 PEX19 8 900；
我正在寫(xiě)程序，但是寫(xiě)的好復(fù)雜，請(qǐng)問(wèn)各位大神，能提示一下么！
作者:
xiumu2280
時(shí)間:
2015-09-01 12:11
本帖最后由 xiumu2280 于 2015-09-01 12:16 編輯
簡(jiǎn)單的寫(xiě)了一下，本質(zhì)應(yīng)該是個(gè)排序問(wèn)題，用了引用
這樣的寫(xiě)法應(yīng)該可以找到每個(gè)基因?qū)?yīng)的數(shù)值最大條目
后續(xù)還需要你自己更改一下
use strict;
use warnings;
use Data::Dumper;
use File::Basename;
my %hash;
while (<DATA>) {
chomp;
my @data = split /\s+/,my $line = $_;
if ($hash{$data[1]}) {
if (($data[2] == $hash{$data[1]}->[2] && $data[3] > $hash{$data[1]}->[3]) || $data[2] > $hash{$data[1]}->[2]) {
$hash{$data[1]} = \@data;
}
}else{
$hash{$data[1]} = \@data;
}
}
print Dumper \%hash;
__DATA__
NM_015840 ADAR 15 3603
NM_001111 ADAR 15 3681
NM_001193495 ADAR 14 2796
NM_001025107 ADAR 14 2796
NM_002857 PEX19 8 900
NR_036493 PEX19 1 2
NR_036492 PEX19 1 2
NM_001193644 PEX19 8 840
NM_004550 NDUFS2 14 1392
NM_001166159 NDUFS2 13 1374
NM_020435 GJC2 1 1320
復(fù)制代碼
作者:
MMMIX
時(shí)間:
2015-09-01 12:30
回復(fù)
1#
54red
把你的代碼貼上來(lái)看看
作者:
jason680
時(shí)間:
2015-09-01 12:54
回復(fù)
1#
54red
>>...求思路
先讀取file2，第二列當(dāng)key，保存最大值，就好了...
第一筆，沒(méi)有key資料(新資料),直接(最大值)保存
NM_015840 ADAR 15
3603
key:
ADAR
$gene{'ADAR'} = [( NM_015840
ADAR
15
3603
)] # 思路,非程序代碼
下一筆,先比第三列，再比第四列
NM_015840
ADAR
15
3683
key:
ADAR
$gene{'ADAR'} = [( NM_015840
ADAR
15
3683
)] # 思路,非程序代碼
保存最大值
再讀取file1,依key值讀取(最大值)
$gene{'PEX19'} <--- 保存最大值
作者:
54red
時(shí)間:
2015-09-01 13:12
十分謝謝！我一直在看你的代碼學(xué)習(xí)perl,可是引用這塊始終沒(méi)學(xué)好，再次謝謝！
回復(fù)
2#
xiumu2280
作者:
54red
時(shí)間:
2015-09-01 13:15
謝謝jason680大神的思路，還把關(guān)鍵的引用怎么寫(xiě)都給我寫(xiě)好了 ^^
回復(fù)
4#
jason680
作者:
ba_du_co
時(shí)間:
2015-09-01 14:54
my @genelist = qw/PEX19 NDUFS2/;
my %gene = map { $_, 1 } @genelist;
my %nm;
while (<DATA>) {
my ( undef, $key, $v1, $v2 ) = split;
next unless $gene{$key};
if ( exists $nm{$key} ) {
next if $v1 < $nm{$key}[0];
if ( $v1 > $nm{$key}[0] or $v2 > $nm{$key}[1] ) {
$nm{$key} = [ $v1, $v2, $_ ];
}
}
else {
$nm{$key} = [ $v1, $v2, $_ ];
}
}
print $_->[2] for values %nm;
__DATA__
NM_015840 ADAR 15 3603
NM_001111 ADAR 15 3681
NM_001193495 ADAR 14 2796
NM_001025107 ADAR 14 2796
NM_002857 PEX19 8 900
NR_036493 PEX19 1 2
NR_036492 PEX19 1 2
NM_001193644 PEX19 8 840
NM_004550 NDUFS2 14 1392
NM_001166159 NDUFS2 13 1374
NM_020435 GJC2 1 1320
復(fù)制代碼
作者:
54red
時(shí)間:
2015-09-01 17:34
剛剛看見(jiàn)你的程序，謝謝啦！今天下班了，明天再仔細(xì)看看 ~
回復(fù)
7#
ba_du_co
作者:
sunzhiguolu
時(shí)間:
2016-03-08 01:45
其實(shí)你的問(wèn)題在于不要將解決問(wèn)題的思路放在細(xì)節(jié), 從整體看待這個(gè)問(wèn)題就相對(duì)好解決一些.
作者:
RE_HASH
時(shí)間:
2016-03-09 00:56
my @genelist = qw/PEX19 NDUFS2/;
my %gene = map { $_, 1 } @genelist;
while (<DATA>) {
my ( undef, $key, $v1, $v2 ) = split;
next unless $gene{$key};
$OUT->{$key}->{$v1 * 1000000 + $v2} = $_;
}
map {
print $OUT->{$_}->{(sort {$b<=>$a} keys %{$OUT->{$_}})[0]} ;
}sort keys %$OUT;
__DATA__
NM_015840 ADAR 15 3603
NM_001111 ADAR 15 3681
NM_001193495 ADAR 14 2796
NM_001025107 ADAR 14 2796
NM_002857 PEX19 8 900
NR_036493 PEX19 1 2
NR_036492 PEX19 1 2
NM_001193644 PEX19 8 840
NM_004550 NDUFS2 14 1392
NM_001166159 NDUFS2 13 1374
NM_020435 GJC2 1 1320
$> perl test.pl
NM_004550 NDUFS2 14 1392
NM_002857 PEX19 8 900
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