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標(biāo)題: 排序處理文本 [打印本頁(yè)]
作者: 秋天的絮兒    時(shí)間: 2013-07-19 09:53
標(biāo)題: 排序處理文本
保持第一列的scaffold的先后順序不變，第二列在同一條scaffold的情況，按數(shù)字大小排序。
Ph_scaffold57_2 6002125
Ph_scaffold57_2 1826520
Ph_scaffold4    54818110
Ph_scaffold4    53507591
Ph_scaffold4    51550443
Ph_scaffold4    15513112
Ph_scaffold243  767655




結(jié)果是:
Ph_scaffold57_2 1826520
Ph_scaffold57_2 6002125
Ph_scaffold4    15513112
Ph_scaffold4    51550443
Ph_scaffold4    53507591
Ph_scaffold4    54818110
Ph_scaffold243  767655


awk 'NR>1&&i!=$1{for(j=0;j++<asorti(a,b)print i,b[j];delete a}{i=$1;a[$2]}' file <(echo)
[解析]
        一開(kāi)始我以為是個(gè)蠻小的問(wèn)題, sort應(yīng)該就可以解決, 不就是一個(gè)排序嘛. 后來(lái)發(fā)現(xiàn)sort無(wú)法在第一列相同且不改變先后順序的情況下針對(duì)第二列排序, sort要么連第一列都排序了, 這樣就打亂了原先的自然順序.
        既然原先考慮的方法不行, 就只有用awk了, 思路是分別針對(duì)每個(gè)相同的第一列進(jìn)行排序, 目的是為了不改變其自然順序, 把相同第一列的第二列的值放入數(shù)組a中, 當(dāng)發(fā)現(xiàn)第一列不相同時(shí), 就排序輸出, 清空數(shù)組a.


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剛剛看zooyo版主這個(gè)貼子的時(shí)候想到有沒(méi)有其他方法可以實(shí)現(xiàn)？
作者: 秋天的絮兒    時(shí)間: 2013-07-19 09:57
  1. awk 'NR>1&&i!=$1{for(j=0;j++<asorti(a,b);)print i,b[j];delete a}{i=$1;a[$2]}' file <(echo)
復(fù)制代碼
作者: blackold    時(shí)間: 2013-07-19 10:34
這樣可以嗎？
  1. $ sort  -k 1r,1 -k 2n urfile
  2. Ph_scaffold57_2 1826520
  3. Ph_scaffold57_2 6002125
  4. Ph_scaffold4    15513112
  5. Ph_scaffold4    51550443
  6. Ph_scaffold4    53507591
  7. Ph_scaffold4    54818110
  8. Ph_scaffold243  767655
復(fù)制代碼
作者: 秋天的絮兒    時(shí)間: 2013-07-19 10:44
回復(fù) 3# blackold


   


問(wèn)題再次延伸考慮：
  1. cat study
  2. Ph_scaffold57_2  S1     25
  3. Ph_scaffold57_2  S2     21
  4. Ph_scaffold57_2  S1     18
  5. Ph_scaffold4   S1        54
  6. Ph_scaffold4   S2        91
  7. Ph_scaffold4   S1        43
  8. Ph_scaffold4   S2        15
  9. Ph_scaffold243 S1        55
  10. Ph_scaffold243 S3        15
  11. Ph_scaffold243 S1        35
  12. Ph_scaffold243 S3        75
復(fù)制代碼
如果第一列相同，則看第二列，如第二列也相同，則將第三列相加。貌似利用awk的數(shù)組求和比較方便。
期望結(jié)果如下：
  1. Ph_scaffold57_2  S1        43
  2. Ph_scaffold57_2  S2            21
  3. Ph_scaffold4   S1        97
  4. Ph_scaffold4   S2        106
  5. Ph_scaffold243        S1        90
  6. Ph_scaffold243        S3        90
復(fù)制代碼
作者: blackold    時(shí)間: 2013-07-19 10:49
回復(fù) 4# 秋天的絮兒


    你想要的就是排序算法啊。
用4.0 以下版本的awk，只能進(jìn)行字符串排序，不能進(jìn)行數(shù)值排序(除非自定義函數(shù))。
  1. $ sort -k1,1 -k 2,2 -k 3n,3 urfile
  2. Ph_scaffold243 S1        35
  3. Ph_scaffold243 S1        55
  4. Ph_scaffold243 S3        15
  5. Ph_scaffold243 S3        75
  6. Ph_scaffold4   S1        43
  7. Ph_scaffold4   S1        54
  8. Ph_scaffold4   S2        15
  9. Ph_scaffold4   S2        91
  10. Ph_scaffold57_2  S1     18
  11. Ph_scaffold57_2  S1     25
  12. Ph_scaffold57_2  S2     21
復(fù)制代碼
作者: culhw    時(shí)間: 2013-07-19 10:51
  1. sort -n -k 2 -t " " fielname
復(fù)制代碼
作者: 秋天的絮兒    時(shí)間: 2013-07-19 10:52
回復(fù) 5# blackold


    難怪。那有其他的方法嗎�。�
作者: blackold    時(shí)間: 2013-07-19 10:53
回復(fù) 7# 秋天的絮兒


    sort? shell? perl? python?
作者: 秋天的絮兒    時(shí)間: 2013-07-19 10:56
回復(fù) 8# blackold


    sort  or shell
作者: zooyo    時(shí)間: 2013-07-19 10:57
提示: 作者被禁止或刪除 內(nèi)容自動(dòng)屏蔽
作者: 秋天的絮兒    時(shí)間: 2013-07-19 10:59
回復(fù) 10# zooyo


    最近正在學(xué)習(xí)您的博客
更好的學(xué)習(xí)
作者: zooyo    時(shí)間: 2013-07-19 11:07
提示: 作者被禁止或刪除 內(nèi)容自動(dòng)屏蔽
作者: culhw    時(shí)間: 2013-07-19 11:09
有沒(méi)有高人直接給sort加個(gè)參數(shù):wink:
作者: blackold    時(shí)間: 2013-07-19 11:15
回復(fù) 4# 秋天的絮兒
  1.     $ awk '{a[$1" "$2]+=$3}END{for(i in a) print i,a[i]}' urfile|sort -k1r,1 -k 2,2 -k 3n,3
  2. Ph_scaffold57_2 S1 43
  3. Ph_scaffold57_2 S2 21
  4. Ph_scaffold4 S1 97
  5. Ph_scaffold4 S2 106
  6. Ph_scaffold243 S1 90
  7. Ph_scaffold243 S3 90
復(fù)制代碼
作者: 秋天的絮兒    時(shí)間: 2013-07-19 11:26
回復(fù) 14# blackold


   

膜拜��！
作者: davidbeckham921    時(shí)間: 2013-07-19 15:56
黑哥關(guān)注的帖子含金量一定不低��！~~學(xué)習(xí)zooyo！



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